1969年，玛格丽特在麻省理工学院创立了大学生研究计划，提供网站作平台，方便他们能直接与教职员或研究员接触[141]。多数的大学生均参与其中，以争取学分或增广见闻[142][143]。不少学生均表示此计划有助他们发表论文、申请专利或创业[144][145]。
1970年，当时的学院关系部长本森河·斯奈德发表了《隐藏的课程设置》一书，批评麻省理工的教育使学生倾向于跟从一些不成文规定。那些懂得在教学系统中取巧而非具扎实根基的学生，反而能获取较高的毕业成绩。例如，一些学生团体中的高年级生会编制“课程秘笈”，记录不同课程的每周功课及测试的答案，供师弟、师妹“参考”。在斯奈德眼中，这些小动作阻碍了个人的创意及知识发展[146][147]。
麻省理工学院的博士与硕士学位全面地涵盖数理工、社会科学、人文等学术领域，也有一些为跨学科学位。研究生课程并非大类收生，申请者需直接与个别学系联络，而六所学院的收生标准、申请方法、录取率等也各有不同。校方向部分获录取的博士生提供奖学金（逾三成）、教学助理（一成）及研究助理（近五成）的职位。不少研究生课程同时开放给合资格的大学生报读[148]。
麻省理工学院于1934年加入美国大学协会，校内的研究活动频繁，2014年的研究开支合共六亿七千多万美金[149]。其中，联邦政府（卫生与公共服务部、国防部、能源部、国家科学基金会、国家航空航天局）向校方提供的资助金额最高[149]。除了教职员，校方还额外聘请了约1,300名研究人员[150]。这些工作人员在2011年公布了632项发明创造，获颁发153个专利，并分别赚得八千五百多万及六千九百多万美金的现金与特许权使用费收入[151]。
在电子科技方面，麻省理工研究人员发明或大幅发展了磁芯内存、雷达、库仑阻力与惯性导航系统[152][153]。其中，哈罗德·金顿为发展高速摄影及声纳技术的先驱[154]。克劳德·香农为现代信息论的发展贡献良多，亦开拓了数字电路及逻辑代数的应用[155]。
电子计算机科学方面，麻省理工教职员及研究人员诺伯特·维纳、马文·闵斯基、约瑟夫·维森鲍姆、帕特里克·温斯顿、罗德尼·布鲁克斯、罗纳德·李维斯特，分别对控制论、人工智能、计算机语言、机器学习、机器人技术、加密技术的发展奠下了基础[153][156]。共有九位图灵奖及七位查尔斯·斯塔克·德雷珀奖得主曾经或现在于麻省理工学院学习或工作[157]。
除了应用科学，麻省理工的自然科学研究亦为蓬勃，共有近六十位诺贝尔物理学、化学、生理学或医学奖、三位沃尔夫奖得主与此校有所联系[158]。次原子粒子与量子物理学、新化学合成法、免疫学、肿瘤学、分子生物学为获奖者所研究的领域[159][160]。 麻省理工亦首次发现正子电子偶、合成型盘尼西林、肌萎缩性脊髓侧索硬化症、亨丁顿舞蹈症[161][162][163]。学校的埃里克·兰德教授为人类基因组计划的主力研究人员之一[164][165][166]。杰罗姆·莱特文教授亦改写了认知科学的发展史[167]。
除了十多位诺贝尔经济学奖得主之外，九位约翰·贝茨·克拉克奖亦为麻省理工的师生、校友[160][168]。莫里斯·哈勒及诺姆·乔姆斯基合创了生成文法与音位学文本[169][170]。麻省理工的媒体实验室亦作出了包括建构主义在内的多个非传统人文艺术或社会科学研究[171][172]。
不过，学校也曾出现科学不端行为的丑闻。诺贝尔奖得主戴维·巴尔的摩于1986年接受不端行为调查，更在1991年接受国会聆讯[173][174]。西奥多教授自2000年以来，曾多次批评麻省理工行政部门撇清林肯实验室一次导弹防御测试的潜在不端行为[175][176]。陆帆·巴瑞斯副教授于2005年因科学行为不端而被停职，美国研究操守调查部亦于2009年判其有罪[177][178]。
麻省理工学院一直以来都和学界、工业界、政府等机构组成学术研究联盟[179][180]。1946年，康普顿校长、乔治·多里奥特（哈佛商学院教授）及美林·格里斯德（马萨诸塞州投资信托基金会主席）共同创立了全美第一间风险投资公司——美国研究与发展集团[181][182]。两年后，康普顿又成立了麻省理工工业联络计划[183]。1991年，麻省理工华盛顿办公室面世，作为学校游说政府给予更多的研究基金及协助制定科学政策的平台[184][185]。麻省理工学院与邻近的哈佛大学一直存有合作及良性竞争关系。它们成立了哈佛-麻省理工医疗科技学院及博德研究中心，两校的学生亦可以报读对方的课程而无需缴付额外的学费[186]，此外两校也不乏合办项目，如与哈佛医学院合办的医学-哲学双博士学位[187]。麻省理工跨校课程伙伴还有衞斯理学院、波士顿大学、布兰迪斯大学、塔夫茨大学、马萨诸塞州艺术与设计学院、波士顿美术博物馆学院[186]。2002年，校方与剑桥大学成立了剑桥-麻省理工研究中心，两校也举办了本科生交流计划。此校与不少波士顿的独立研究机构关系密不可分：查尔斯·斯塔克德雷珀实验室、白石研究中心、伍兹霍尔海洋研究中心等，双方有密切的交流[186][188]。麻省理工国际科技倡议计划负责处理与其他国家之院校的教研合作[186][189]。
《麻省理工科技评论》为针对大众市场的杂志，由麻省理工学院透过一子公司出版，同时也是该校的校友杂志[190][191]。除此，麻省理工出版社也是世上主要的大学出版社之一，主力出版有关科技的书刊[192]。
不过，麻省理工学院及其学术联盟亦曾受到一些批评。上世纪八九十年代，不少美国政治家及企业领袖批评包括麻省理工在内的多所美国大学，指它们将由纳税人资助的研究与技术开发项目转移至跨国企业（尤其是面向日本的公司），这在一定程度上导致了美国二十世纪九十年代初的经济衰退[193][194]。1989年，司法部对麻省理工、八间常春藤盟校及另外11所大学展开调查，并于1991年提出起诉，指有关院校涉嫌在年度交流大会上，有意进行价格操纵（该会旨在避免院校间的学生资助或奖学金竞价战）[195][196]。常春藤盟校答应庭外和解[197]，但麻省理工却否认这触犯了反竞争法[198][199]。校方认为大会只是为了确保资助金能顾及更多有需要的学生。司法部最终于1994年撤销了控诉[200][201]。
麻省理工学院图书馆系统由多所涵盖不同学科的图书馆组成，主要包括了巴克（工程）、杜威（经济）、海登（文理）、路易斯（音乐）及罗奇（艺术建筑）图书馆。馆藏囊括二百九十万册印刷本、二百四十万份缩微本、四万九千个印刷或电子文献、六百七十个参考数据库。过去十年里，馆方较为着重电子书籍的重要性[202]。馆内重要收藏包括路易斯音乐图书馆内的二十及二十一世纪音乐档，利斯视觉艺术中心内的当代艺术展品，以及康普顿画廊的跨学科展览品[203][204][205]。校方会定期拨出款项，以建立或翻新其户外或可供公众参观的雕塑作品[206][207]。
麻省理工博物馆成立于1971年，主要收藏与学校历史文化有关的文艺、纪念品。校方积极参与公众艺术推广活动，包括每年一次的剑桥科学节[208]。
麻省理工学院在多个排行榜上均名列前茅，并以理工见长[222]。此校的工程学院在1995年国家科研会报告中位列榜首[223]。除了工程，电子计算机科学、数学、自然科学、商业学、语言学也是学校的强项[17]。1999至2009年期间，麻省理工（根据路透社的调查）的全球论文引用率为第十七[224]。《泰晤士高等教育》增刊的《全球大学就业排名》（2014年）显示，麻省理工毕业生的就业率位列全球第六、全美第四[225]；《纽约时报》2011年的调查则指，此校毕业生的平均工资金额排名全球第七、全美第六[226]。
