大学课程渐趋职业导向，教学内容少了一些理论科学。可是，这所年轻的学府仍面临财政危机，并受到管理层的关注。在这“波士顿理工”的岁月里，学校的前教职员、时任哈佛大学校长的查尔斯·艾略特曾六度建议将麻省理工并入当时哈佛学院的劳伦斯科学院[35][36]。位于狭窄的后湾区的麻省理工学院无法负担进一步的校园扩展费用，而学生的人数却不断上升，使之日趋拥挤。学校急需基金或捐款以维持正常运作。最终，校方在师生、校友的强烈反对下接受了与哈佛合并的邀请，惟1917年马萨诸塞州最高法院以反大学垄断的理由禁止了此举，结束了这场“合并风波”[36]。
1916年，麻省理工学院迁移至查尔斯河剑桥市的岸边，沿岸伸延逾1英里（1.6千米），此为填海土地[15][37]。这充满新古典主义建筑风格的“新理工”校园，由建筑师威廉·W·博斯沃思设计，受惠于一位匿名“好心人”的捐助，这位先生自1912年起便一直向校方提供资金[38]。1920年1月，这位“好心人”的身份曝光——是来自纽约州罗切斯特市的工业家乔治·伊士曼。他发明了新的电影制作及编辑方法，并成立了伊士曼柯达公司。1912至1920年期间，伊士曼向麻省理工学院提供了两千万美金（现值两亿三千多万）的现钞及柯达的股票[39]。
课程重整
上世纪三十年代，校长卡尔·泰勒·康普顿及副校长（职位等同教务长）万尼瓦尔·布什重新提倡纯科学（如物理学、化学）的重要性，并减少了职业训练成分[40]。与常春藤盟校不同，麻省理工的学生主要来自中产阶层，学校的经费多来自学费而非捐款回赠[41]。大学最终于1934年获选入美国学院与大学协会[42]。
根据1949年的路易斯委员会报告，麻省理工学院“仍被广泛认为是一所职业导向学校”，这亦是委员会希望改善的“不太合理之现象”。有关委员会全面地研究了学校的本科课程，建议校方提升多元性，并避免让工程学或政府津贴的研究项目过于远离文理学[43]。人文艺术与社会科学院及斯隆管理学院均于1950年成立，与发展完善的理学院及工程学院互相竞争。本被边缘化的经济、管理、政治、语言学系开始力争上游，并吸引了在学界广受尊重的教授前来授课，更开办了研究生课程[44][45]。霍华德·韦斯利·约翰逊（1966年）及杰罗姆·威斯纳（1980年）任职校长期间，学校进一步强调人文的重要性，人文艺术与社会科学院得以继续发展[46]。
麻省理工学院的军事科研活动随着二战的爆发而渐趋频密。1941年，万尼瓦尔·布什获委任为科研发展部长，负责分配资金给包括麻省理工在内的少数获选定的大学[48]。大战期间，全国的科学家与工程学家聚集在1940年成立的麻省理工放射实验室，协助英国军方发展多腔磁控管雷达技术，对整个战争影响甚大，亦塑造了战后的研究方向[13]。于查尔斯·斯塔克·德雷珀仪表实验室内进行的陀螺仪、照准器、投弹瞄准器及惯性导航系统的监控机制研究项目[49][50]，旋风计算机中的模拟飞行电脑系统[51]，由哈罗德·金顿指导的高速摄影、间谍气球开发等[52][53]，均为其他主要的军事研究项目。大战过后，麻省理工成为了全美最大型的战时研发商（因而惹来了一些批评）[48]，仅是放射实验室就聘请了四千名工作人员[13]。截至1946年，全校剩余了约一亿（现值十二亿）美元的资助金。可是，军事研究并没有因二战的终结而结束。贤者系统、弹道导弹、阿波罗计划等均为麻省理工战后的政府资助研究项目[54]。
