1780年马萨诸塞州颁布新宪法，哈佛学院扩建、更名为哈佛大学；同年设立医学教授职位。医科开设后，教授们开展各种各样的科学研究，并将研究成果发表在北美和英国学术刊物上，自然科学终于在哈佛建立起牢固的阵地，并开始对其它学院产生影响。在北美独立战争初年，哈佛学院的基金，连同地产的租金在内，不足1700英镑。
战后的1793年，哈佛的基金已超过18.2万美元。霍利斯神学教授Davi Tappan和校长Joseph Willar分别于1803、1804年去世后，经历了一场斗争，1805年，哈佛由一位论派者Henry Ware接手管治，办学精神开始向亚米念主义过渡；这也使美国的教育机构开始世俗化。他们与联邦党结盟，并开办了很多机构，以扩大其政治及文化势力；与此同时，一些神学的保守派人士则利用大众传媒，评击对方企图凝造寡头政治文化及破坏共和国的政治原则。哈佛因此在1850年代被称作“一位论派的梵蒂冈”。1816年成立神学院，1817年成立法学院。
1829年，昆西（J·Quincy）出任哈佛大学校长，他大刀阔斧、极力扭转哈佛大学的方向，大力提倡重视理科教学。他任职的16年期间（1829~1845年），在哈佛大学办起了理学院，建立了一座天文台。18世纪和19世纪，随着哈佛大学的发展，学校课程内容范围扩大、重心切换，自然科学受到了极大重视。
19世纪上半叶，哈佛大学的影响力超出马萨诸塞州之外，到达美国中部和南部。
