1869—1909年，查尔斯·威廉·艾略特（Charles William Eliot）担任校长，从根本上使哈佛蜕变为现代美国的研究型大学。查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化；他使法学院、医学院获得了新的活力，并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，注册学生从1000人上升到3000人，教学人员从49名增加到278名，学校基金从2300万美元增加到2.25亿美元。
Eliot的改革措施包括选修课程，小班授课，以及入学考试，此一“哈佛模式”影响了美国国家的高等和中等教育政策。此外，Eliot还负责出版了著名的“哈佛经典”，从多个学科收集“伟大的书”。在1926年逝世后，他的名字已和“哈佛”共同成为美国高等教育的同义词。
20世纪，哈佛的地位及声誉，随着所获捐助及教授的人数上升而迅速提升，申请入学的学生人数也因课程数目的增大及校园的扩建而增加，其在1900年成为美国大学协会的创始成员。
于1879年成立的拉德克利夫学院与哈佛结盟为姊妹学校，亦成为了美国当时最著名的女子学校；后来两者合并，拉德克利夫成为了哈佛大学的一部分。
1909~1933年，洛厄尔（Abbott Lwrence Lowell）担任哈佛大学校长，他重新制定了大学本科生课程计划，实行课程的集中与分配相结合的制度，以便使学生受到良好的基础教育；而洛厄尔实行的导师制，至今仍被哈佛大学沿用。
这一制度的实施使得在大型的综合大学中，本科生都有一个小型的学院环境，新生入学后的第一年住在哈佛校园内或附近的宿舍中，一年以后，学生们分住在12幢宿舍楼内，还为少数走读生设置了第13幢宿舍楼。每幢宿舍楼内有一位住校教师和一个导师组，指导学生的学习和生活。
