日本铁路非常发达，但是铁路是由不同的公司分别运营的。大体可分为新干线，jr，私铁，地下铁和电车。
不同系统的铁路之间不可以随便换乘的﹙就是出站要重新买票滴意思）。
新干线：
由各jr公司所经营的铁路交通工具，是目前日本地面上最快速的交通工具。虽然它是由jr公司所经营，但是它和一般的jr在來线是分开不同系統的。使用不同的车站、不同的轨道。新干线並沒有车型之分，只有列车名称的不同。不同名称的列车，行驶的路段及停靠站不同。有时候，就算是相同名称的新干线列车，也会有因为调度关系，而有不同的停靠站。
jr线：
目前全日本共有六家jr铁路公司，分別是：jr北海道、jr东日本、jr东海、jr西日本、jr九州、jr四国。各jr公司分別经营不同地区的铁道。各jr公司所经营的铁道路线，通称为「在来线」，这是为了相对于新干线的称呼。其车型包括：特急、急行、新快速、快速、普通。不同的车型停靠站不同，特急及急行最少、新快速、快速次之，普通为每站皆停。
私铁：
私铁的称呼，主要是相对于旧时代的「国铁」﹙jr分家之前﹚了。在日本，只要不是jr、不是地下铁，大部份都可以称作是私铁了。在关西，阪急电铁、京阪电车、阪神电车、近铁电车、南海电铁、阪堺电车、岚电，这些都是私铁。每家铁道公司的列车名称不同，收費方法也不一致，因此沒有一个通用的准则可以说明。
地下铁：
地下铁，简称地铁，就是指列车全线都在地面下行驶的电车。这就跟我们国内的地铁一样。目前全日本有主要城市都有地下铁了，例如：札幌、东京的都营地下铁、名古屋、大阪、京都、神戶、福冈。
地铁和jr及大部份的私铁不同，地铁是以市区內的交通为主，甚少会跨越至其他县市。同时，地铁是每站皆停。这一点和jr及私铁不太一样。﹙少数私铁，如：路面电车，这种则是每站皆停﹚。
电车
路面电车每站皆停，但速度不快。路面电车也很常見于各县市，函馆的市垫、京都的岚电、大阪的阪堺电车，都是路面电车。
在日本，人们将列车往往是按照速度来区分的，其情况如下：
1普通列车：是一种每一站都停车的列车，是最慢的车。
2快速列车：只在部分车站停车，速度比普通列车快，但价格一样。分为：①区间快速、②新快速与特别快速、③通勤快速
3急行列车：速度比快速列车更快，停站更少，价格会比上面两种略贵一些。乘坐急行列车，一般需要购买乘车券+急行劵，座位也有指定席和自由席之分，如果乘坐的是指定席，需要购买指定席劵。
4特急列车：速度和耗时都快于急行列车，停站比急性列车更少，价格更贵，需要购买乘车券+特急券，如果需要，还要再买指定席券。
5新干线：日本火车中最快也是最昂贵的车种，相当于国内高铁的概念，座位也分指定席和自由席，分自由席，指定席，green箱（头等）
6寝台列车：即卧铺列车，主要路线有东京-北海道和大阪-北海道。铺位不同，票价也不同。
7特殊列车：一些观光地往往会在旅游旺季运行特别列车，车辆无论外表还是内部装饰都别具一格。乘车的票价一般需要提前查询。
坐车前一定要看月台上的指示牌，开过来的车是急行，普通，特急，列车来了再车厢上也有标，一定要特别留意。
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