香港科技大学是因为1980年代经济结构转变而起。由于香港已经进入经济转型期，香港政府预计香港经济会转型为以高科技与商业为主，而工商业要求有更多大学生配合，所以当时香港政府就决定兴建第三所大学，以配合此需要。
1984年，《中英联合声明》签署，确认英国将于1997年将香港主权移交予中华人民共和国，而当时的英军便分批撤走，部份军营也因此而空置。1986年，香港政府选址新界清水湾半岛北部大埔仔的前高希马军营（kohima camp）兴建香港科技大学。
1986年3月，香港政府首次公布香港将兴建第三所大学；9月，香港科技大学筹备委员会成立。
1987年6月，香港赛马会捐出港币十五亿元，作为建设科大校园的资金。
1988年9月，吴家玮教授获委任为科大创校校长；11月，香港科技大学校主席钟士元博士主持校园奠基仪式。
1990年10月，科大创业中心开幕。
1991年1月，科大教务委员会正式成立；10月，科大举行开幕典礼。
1993年1月，与香港政府签署了一亿一千八百七十万元的合约，发展赤鱲角新香港国际机场的风切变预警系统；10月，香港科技大学举行第一次毕业典礼。
1994年2月，科大研发的激光沉积生产钻石薄膜聚合物技术，在美国获取第一个专利。
1995年1月，比尔·盖茨莅临科大以“数码化革命的未来”发表演说。
1996年1月，科大校长吴家玮教授，发起组织东亚研究型大学协会。
1997年12月，凯洛格 - 科大emba课程正式展开。
1999年4月，工商管理学院获aacsb国际协会所认可；同月，钟士元博士退任校主席并获委任为大学首位副校监，罗康瑞博士出任校主席；9月，研究项目“资讯科技”被大学教育资助委员会选作卓越学科领域，是科大首个获此资助的项目。
2000年11月，科大成功研发世界最细单壁纳米碳管，直径为0.4nm（纳米）。
2001年4月，科大在香港会议展览中心举行十周年校庆开幕典礼，香港特区行政长官董建华先生担任主礼嘉宾 [16] ；9月，研究项目“分子神经科学研究之基础研究及新药开发”被大学教育资助委员会选作卓越学科领域，是科大第二个获此资助的项目；11月，朱经武教授出任科大的第二任校长。
2002年5月，陈祖泽博士获委任为第三任校主席。
2003年9月，大学的纳米材料技术研究所正式成立；10月，凯洛格 - 科大emba课程，被《金融时报》在全球七十五个课程中，评为世界第九位。
2005年7月，霍英东基金捐赠港币八亿元，支持科大策略发展及内地拓展计划。
2006年5月，大学图书馆命名为李兆基图书馆，以表彰他对大学的贡献；6月，斯蒂芬·霍金教授，为高等研究院主持首场讲座。
2007年1月，香港科大霍英东研究院及其研究中心在南沙举行开幕仪式；3月，李兆基基金会捐款港币四亿元予科大；12月，凯洛格 - 科大emba课程，首次在《金融时报》的排名榜中位列第一。
2008年4月，张建东博士获委任为第四任校主席；12月，香港科大深圳产学研大楼举行奠基仪式。
2009年3月，陈繁昌教授出任第三任科大校长；10月，凯洛格 - 科大emba课程被《金融时报》第二次评为世界第一。
2010年6月，香港科大霍英东研究院大楼在南沙动土兴建；同月，科大成立首个分子神经科学国家重点实验室；7月，周大福郑裕彤基金捐赠九千万元支持科大建设新的研究和学术大楼；9月，香港科技大学举办首个俄铝校长论坛。
2011年4月，科大庆祝二十周年校庆，时任全国人民代表大会常务委员会副委员长韩教授及香港特别行政区行政长官曾荫权先生亲临主持庆典。为了表扬科大的贡献，中国科学院南京紫金山天文台特别将一颗编号202784的小行星命名为“港科大星” ；5月，香港科技大学获《qs亚洲大学排名》（quacquarelli symons ﹙ qs ﹚ asian university rankings）列为亚洲排名第一的大学 ；9月，科大深圳产学研大楼举行开幕仪式。
2012年4月，郑裕彤大楼举行奠基仪式；7月，“神经系统疾病干细胞研究策略”和“低本高效、绿色环保的le芯片系统研究”获研究资助局拨款开展主题研究；10月，凯洛格 - 科大emba课程连续第四年被《金融时报》评为世界第一。
2013年6月，香港科技大学连续三年获《qs亚洲大学排名》 （quacquarelli symons ﹙qs﹚ asian university rankings）列为亚洲排名第一的大学 ；7月，“新型的光波及声波功能材料研究”和“神经突触的发育，讯号转导及精神疾病的分子机理研究”获大学教育资助委员会选作卓越学科领域；9月，李兆基校园举行开幕典礼；同月，科大成立先进显示与光电技术国家重点实验室；10月，凯洛格 - 科大emba课程连续第五年被《金融时报》荣膺全球第一；11月，香港科技大学赛马会高等研究院举行冠名典礼暨冠名教授席就职典礼。
2014年10月，何廷锡伉俪全新访客资讯中心举行开幕典礼；12月，香港科技大学霍英东研究院新大楼举行开幕典礼；同月，科大毕业生就业能力全球排行16位，位列大中华院校之首。 [20]
2015年1月，教资会“2014研究评审工作”评价显示科大研究达“世界领先水平”成绩称冠；3月，廖长城议员获委任为第五任校主席；7月，科大“本科生研究计划”踏入十周年；9月，水上活动中心一期工程举行动土仪式；11月，科大毕业生于全球大学就业能力调查及排行14位，蝉联大中华院校之首。
2016年2月，郑裕彤楼举行开幕典礼；3月，科大举行第三届冠名教授席就职典礼；5月，科大主办香港首个亚洲物理奥林匹克；同月，香港科技大学香港中华厂商联合会演讲厅命名典礼；6月，香港科技大学二十五周年校庆，与《泰晤士高等教育》合办首届亚洲大学峰会 ；7月，科大与国际数学奥林匹克香港委员会合办2016年国际数学奥林匹克 ；10月，凯洛格－科大行政人员工商管理硕士（emba）课程在英国《金融时报》全球emba课程2016年排名中位列榜首，第七度荣膺全球第一emba课程；11月，香港科技大学于该年度的全球大学就业能力排名（global employability university ranking 2016） ，跃升一级至全球第13名，同时位列大中华之首。科大毕业生就业能力已连续四年高踞大中华榜首及全球首20名。
2017年4月，英国《泰晤士高等教育》（times higher eucation，the）公布2017年全球年轻大学排名榜，创校26年的香港科技大学排名全球第二 ；10月，英国《金融时报》公布2017年全球行政人员工商管理硕士课程（emba）排名榜，由香港科技大学与美国西北大学凯洛格管理学院合办的emba课程第八次登上榜首 [15] ；11月，英国《泰晤士报高等教育》发布2017年全球大学毕业生就业竞争力排行榜，香港科技大学排名全球第12、亚洲第二。
2018年4月，由香港科技大学及北京大学牵头，多所香港与北京大学共同发起的京港大学联盟正式成立 ；6月，英国泰晤士报高等教育特刊公布2018年全球最佳年轻大学排行榜，香港科技大学荣登榜首 ；9月，史维教授出任科大第四任校长 ；10月，英国《金融时报》公布2018年全球行政人员工商管理硕士（emba）课程排名，香港科技大学与美国凯洛格商学院合办的emba课程第九度位列榜首 [29] ；11月，英国泰晤士高等教育发布2018年全球大学毕业生就业竞争力排行榜，香港科技大学位列全球第16名、大中华区第一 ；12月，广州市政府、广州大学、香港科技大学在广州签署举办香港科技大学（广州）的合作协议。
2019年4月，逸夫演艺中心举行动土仪式 ；6月，泰晤士高等教育全球年轻大学排名发布，香港科技大学蝉联榜首 [33] ；8月16日，香港科技大学宣布获诚基金会捐资5亿港元，用于创立香港首个聚焦合成生物科技的研究平台，命名为诚合成生物学研究院 [34] ；9月，香港科技大学（广州）获国家教育部批准筹建并正式动工 ；11月，凯洛格－科大行政人员工商管理硕士（emba）课程在英国《金融时报》全球emba课程排名中排名第二。
2020年6月，泰晤士高等教育发布2020年度年轻大学排名，香港科技大学连续第三年获年轻大学排名榜首 。
