不同于加州大学系统内的其他分校，圣地亚哥分校采用学院制，有六个风格不同的学院。
学院制是英国中世纪大学运作的一个传统模式。各个学院都有自己的校区，食堂，宿舍，和超市，六个校区联结成为独具特色的UCSD校园 。UCSD的六个学院也没有高低之分，但却各有特色，从建院时间，建筑风格到教学宗旨都各有千秋。选择适合自己的学院可以更好的享受自己的本科学习生活。
Revelle College瑞威尔学院
口号--Purpose- Truth - Vision
Revelle College是UCSD最早成立的学院，是以UCSD的创始人Roger Revelle命名的，学院的口号是“ A Renaissance eucation ”。所以学校的课程具有高度结构化的要求，提供传统的人文通识课程，课程包括专业内外的学科，以帮助学生成为全面发展的学者。有六所学院中最难的基础通识课（GE）和大学写作（College Writing），对英文要求极高。
John Muir College约翰·缪尔学院
口号--Celebrating the Inepenent Spirit
John Muir College是以美国著名环保人士John Muir先生命名，学院鼓励学生的自我意识，所以它的本科学习环境相较于其他学院较为松散，基础通识课的要求较为灵活，课程数量多，学生的选择空间极大，教育的宽容度和民主性强，学生可以自由的学习。GE课普遍不难，包括2学期的写作课（文学鉴赏方向），3门社会科学，3门数学或自然科学课以及6门语言、艺术或人文类课程。可以看出来Muir学院更像是个文理学院。
Thurgoo Marshall College瑟古德·马歇尔学院
口号--The stuent as scholar an citizen
Thurgoo Marshall College是以美国历史上第一位黑人最高法院首席大法官Thurgoo Marshall命名，强调公民的社会责任和信念，以公众参与和社会责任作为教育的首要目标。注重文科和经济学教育。基础通识课的难度和分量都很适中。大部分经济系学生都选的是Marshall学院。
Earl Warren College厄尔·沃伦学院
口号--Towar a life in balance
Earl Warren College是以加州第三任州长，美国最高法院首席大法官Earl Warren命名，学院鼓励学生进行多学科专业的学习，以实现学生在学术社会和职业发展等多方面的平衡。总体而言Warren的理工科学生比较多，校区里聚集着所有工程学和计算机学的教学楼，也被称为“工院”。
Eleanor Roosevelt College埃莉诺·罗斯福学院
口号--International unerstaning
Eleanor Roosevelt College是以美国第一夫人，罗斯福总统的妻子命名。由于是在冷战结束后建立，所以学院鼓励学生具有跨文化跨学科的能力，至少学习一门外语，并鼓励学生出国交换学习，国际生也很多。它的重点在全球化和政治领域，因此写作课程很多，写作方面的课业压力较大，而且特别一点是她有一个长达6个quarter的纯文科核心课程MMW（Making of the Moern Worl），难度极大，被称为“GPA killer”。
Sixth College第六学院
口号--Innovative - Creative - Interconnecte
成立于2001年，并于2002年招收第一批学生。该学院专注于帮助学生掌握人际交往能力，自我认知和技术诀窍。学院通过课上和课外的项目，引导学生成为创新的人才。基础通识课数量不少，写作课有五门，难度中等；偏艺术类，基础通识课中艺术课程多于其他学院。
简单总结就是：
Revelle—理科，对英语水平要求非常高
Eleanor Roosevelt College—文科，国际化
Earl Warren College—理工科
Thurgoo Marshall College—文科和经济
John Muir College—更像文理学院
Sixth College—偏艺术类
