1813 年，缅因州沃特维尔镇 (Waterville, Maine) 的浸信会教徒们自愿捐出土地，创立了缅因州文学和神学学校 (Maine Literary an Theological Institution)。1820 年缅因州从麻省独立以后，第一届州议会认可了学校的宪章，但也做出了一些重要的修改，包括不许因信仰原因而拒绝学生入学以及增设了颁发大学学位的权利。在这一年后，学校更名为沃特维尔学院 (Waterville College)。
美国内战时期，学校里的不少学生投笔从戎。学校因而在战后缺乏生源和资金，几近倒闭。所幸著名的浸信会慈善家、商业大亨科尔比 (Garner Colby) 于 1865 年毕业典礼时，慷慨的捐献了五万美元（学校的第一任校长是科尔比家族的恩人，当年曾帮助他们开办杂货铺，成为了其家族生意的原点）。两年后，学校更名为科尔比学院 (Colby College) 以纪念他的这一义举。建校伊始，学校只招收男生。1871 年，学校开始招收女生，并且成为了新英格兰地区第一个接受女生的学校。
1929 年，缅因州高等教育报告首次对公众披露。其中，科尔比学院因其校区面积过小、设施陈旧和嘈杂的环境而受到不少负面评价。时任校长 Franklin W. Johnson 借此发动了一场募捐，希望能把校园迁到更为优渥的地理位置，但却因为接踵而至的经济危机和大萧条而作罢。沃特维尔镇的镇民们为了留住学院，于是集资十万美元，在城郊的五月花山 (Mayflower Hill) 购买了二点四平方公里的新校区，给学院的蓬勃发展创造了条件。二十世纪四十年代，学校开始与同州的另外两所文理学院鲍登学院和贝茨学院结成了体育联盟，大家在球场上一决高下的同时，在学术上也互有交流，最终三校共同组成了著名的缅因州文理学院金三角，被称为“CBB”联盟。
科尔比学院的学术资源丰厚，提供 58 个专业和 35 个辅修专业，其中比较强势的专业包括生物学、经济学、政治学和心理学。学院的政府政治学堪称一流，该系的教授经常为《纽约时报》和《华盛顿邮报》撰文，并拥有多位布鲁金斯学会 Brookings Institution（美国著名智库之一）成员。对于想要成为工程师的人来说，学校中有一个与达特茅斯学院合办的 3+2 项目和一个与哥伦比亚大学合办的 4+2 项目。其他专业的学生也会有机会参加与克莱蒙特学院联盟和霍华德大学合办的交换项目。
学院里超过 93% 的教师获得博士或博士后学位，位于全美前列。学院拥有 10:1 的低师生比，71% 的课堂人数低于 20 人，98% 的课堂人数少于 50 人，可以给予学生最多的学术支持和发展关注。学院要求全部教授直接参与本科教学，并将本科教学作为核心工作。学院曾在 US News 的“最佳课堂体验”排名第九，有 75% 的本科生在毕业后申请到常春藤盟校其它世界顶级大学研究生院继续学习，而毕业生考取 top 20 法学院中的 19 所的录取率是 90%，考取医学院的录取率是 73%。
科尔比学院采用的是“4-1-4”的校历制。所谓“4-1-4”，就是指 4 个月的春季学期和 4 个月的秋季学期，外加两个学期之间的一个短学期：“一月计划”（Jan Plan）。在 Jan Plan 期间，学生可以选择上课、做研究或实习。如果选择上课，每个学生只能选择一门课，但是在这为期一个月的短学期中提供的课程往往是一天上 4 小时，一周上四天的高强度课程，学生因此得以在一个月内掌握大量的专业知识或技能。学生们也可以在这一个月内专心深入地做研究（可获得学分）或者参与校外的实习工作。值得一提的是，科尔比学院是美国历史上第一个采用此制度的学校。
科尔比学院也是在本科教学中将教学与研究结合起来的先驱。自 2000 年以来，每年春季举行的科尔比本科生研讨会 (Colby Liberal Arts Symposium，简称 CLAS)，吸引了众多学生前来展示他们的研究成果。现在科尔比本科生研讨会每年的参加人数超过了 500 名，其目标是要吸引更多学生关注并有机会了解同校学生们正在进行的各类研究项目。在科尔比本科生研讨会上展出的项目以后都在专家级的会议及相关出版物上进行成果展示。
