就在有关草议获批两天后，美国内战的第一场战役就展开了。为时数年的战争使学校的教研工作延误。1865年，麻省理工正式在位于波士顿的校园内开班。这所新院校的使命符合《土地拨赠法案》的要求，故获赠地作进一步发展。1866年，由土地销售带来的利益使学校得以在后湾区发展。
“波士顿理工”为麻省理工学院的非正式别称。大学采用欧洲理工大学的模式办学，早期比较重视实验教学。虽一直受到财政问题困扰，但在弗朗西·斯亚玛撒·沃克的带领下，学校还是在19世纪最后的20年里不断成长，继而开办电子、化学、海洋及洁净工程学，并兴建了新的教学大楼，亦吸纳了更多学生。
大学课程渐趋职业导向，教学内容少了一些理论科学。可是，这所年轻的学府仍面临财政危机，并受到管理层的关注。在这“波士顿理工”的岁月里，学校的前教职员、时任哈佛大学校长的查尔斯·艾略特曾六度建议将麻省理工并入当时哈佛学院的劳伦斯科学院。
位于狭窄的后湾区的麻省理工学院无法负担进一步的校园扩展费用，而学生的人数却不断上升，使之日趋拥挤。学校急需基金或捐款以维持正常运作。最终，校方在师生、校友的强烈反对下接受了与哈佛合并的邀请，惟1917年马萨诸塞州最高法院以反大学垄断的理由禁止了此举，结束了这场“合并风波”。
