澳门大学下设人文学院、工商管理学院、教育学院、健康科学学院、法学院、社会科学学院以及科技学院，共计 7 个学术单位 。
人文学院
澳门大学人文学院由中文系、英文系、葡文系及日本研究中心组成，亦包括翻译学、哲学以及宗教学方面的课程。人文学院致力于人类艺术、语言及文学等领域的教学与研究。这些领域不仅塑造了现代世界，也极大的影响了当代澳门的文化与传统。
人文学院的学士、硕士及博士学位课程提供高质量、全方位的教育体验。注重培养学生的语言交际能力、独立思考能力、批判性探索能力及创新能力，培养学审兼收并蓄、博采衆长的精神。
人文学院注重人文学科的发展及人文经验的积累，为全校范围内推行通识教育作出重要贡献，为广大学员带来了全人教育的必要成分。就读人文学院的课程，让学生有机会在自己母语以外的另一门语言中达到较高的表达能力和熟练程度。在提高语言能力的同时，学生还将吸收另一种文化的深厚内涵，了解这种文化的传统与成就并培养观察人类社会的不同视野。这段旅程需要教员和学生严谨治学、创意思考及反思。到毕业时，学生获得的技能、知识以及对不同语言文化的思维系统的理解将成为其宝贵的财富，使日后不论面对工作还是新世纪多元化社会，本院毕业生都能脱颖而出。
人文学院课程的成功有赖于资历深厚的师资队伍。该院有澳门大学成立时间最长、规模最大的学系。有国际化优秀的教师队伍为学院贡献丰富的教学和专业经验。除了学术上的成就外，不少教员还是著名的翻译、诗人和小说家，他们不仅将深厚的知识带到课堂，更将丰富的实践和创作经验传授给学生。学院为学生的成长设有多种专业设施，包括语音室、同声传译训练室、计算机辅助翻译实验室等等，这些设施帮助学生更好地学习葡萄牙语、西班牙语、德语、日语及法语。
工商管理学院
工商管理学院教师分别来自英国、美国、加拿大、日本、澳大利亚、葡萄牙、菲律宾、新加坡、马来西亚、泰国、南韩、台湾、内地、香港及澳门，超过八成教员拥有博士学位，具有优质的教学及科研经验。课程按国际标准设置，以英语授课。学院亦与欧洲、亚洲及美洲 （包括南美洲及北美洲） 等国家的高等院校合办国际学生交流计划，本科学生可申请参与为期一学期（半年）或两学期（一年）之交流计划，往海外亲身体验外地学术文化和吸收外国学术知识。
工商管理学院设有商业研究及培训中心、博彩研究所。另设财经实验室及商业信息系统实验室以供师生进行相关之科研活动。研究单位之设立主要为辅助及支援教师之学术研究和协助本地之工商机构作不同类型之研究。学院重点研究领域包括会计范畴、金融、财务及衍生工具、款客服务、博彩管理、大中华商业及决策分析。
教育学院
教育学院拥有优良的师资、全面的课程、完善的设施，这都有利于学院担负起培训教师、发展教育的使命。学院教师来自内地、台湾、香港、澳门、美加、欧洲、澳纽等地，几乎全都拥有博士学位，教学经验丰富、态度认真。
学院课程主要有：教育学士、硕士及博士课程。教育学士课程，分中文、英文专业，以及历史、信息科技及科学三个副修专业，旨在培训中学教师；另并设有培训小学教师的小学教育专业，以及培训幼儿园教师的学前教育专业。硕士课程，则设有课程与教学、教育心理、学校辅导、教育行政、体育与运动教学等专业。
学院多以小班制授课，并推行 “师友计划”、“交换生计划”以及“海外研习计划”；既体现完美的教学效果、增加师生的相互了解，也让学生认识到各地的教育状况、体验异地的学习生活。每年，学院学生会到本澳各中、小、幼学校实习，务求教育理论与实践相结合。此外，学院设有教育研究中心、信息与通讯科技教育研究中心、综合成长教育研究中心以及教育测验与评估中心，以便统筹学院各项教育科研活动、加强科技学习以及科技在教学理论与实践中的应用，同时强化学生学校辅导与服务社会、教育测验与评估等专业服务的能力。
健康科学学院
澳门大学健康科学学院于 2013 年成立，为澳门以至临近地区提供优质的健康科学教育并致力开展相关领域的科学研究，最终目标是发展及推广健康科学知识，造福人类福祉。
健康科学学院提供两种课程，包括：理学士学位（生物医药学）及哲学博士学位（生物医药），培养优秀健康科学和生物医药的科研人员。
此外，在澳门大学及澳门特别行政区政府的大力支持下，健康科学学学院已建立了两个研究中心及十个基础科研设施，为健康科学学院开展高素质科研工作，并发展成为本地区重要研究基地提供重要基础。
法学院
澳门大学法学院是澳门历史最悠久的法学院。法学院开设分别用中、葡文教学的法学士课程、硕士及学士后证书课程，还有英语授课的欧盟法、国际法及比较法和国际商法硕士及学士后证书课程、法学博士课程。
法学院教学制度基本上书罗马 ——日耳曼或欧洲大陆法律制，教学作风严谨，要求严格，注重质量。澳门独特的历史背景令澳门社会及其法律制度呈现国际都市所具有的开放性特点。
法学院从世界各地招聘优秀及教学经验丰富的教员。为了向法学院学生提供更多的学习机会，法学院也邀请了澳门本地法官、检察官、律师和中国内地、欧洲、美国等地区的著名客座教授来讲授法律学士学位课程、学士后证书课程、硕士和博士课程，让学生能接触不同法律体系和专业背景的顶级法律学者及具丰富教学经验的法律实务界的代表，从而拓宽他们的法律专业知识和技能。
社会科学学院
社会科学学院致力于提供全面、优质的教育课程，强调卓越的教学与研究成果。主要课程有传播学、经济学、政府与公共行政、心理学、社会学及历史学。学院的目标是：培养学生成为学识丰富，适应性强的国际公民，有能力在工作和生活中发挥一技之长，并在日益复杂和变幻多端的社会环境中逐渐成长成领袖人物。
社会科学院课程的致胜关键在于拥有国际化的精英学术力量。教师来自全世界各地的大学，如英国、北美、新加坡、澳大利亚、中国内地、香港、台湾、俄罗斯和欧洲大陆等地，为学院营造出多远的教学氛围。此外，学院的教师还拥有丰富的从业经验，担任地方政府的政策顾问，曾任报纸、电台、电视台等传媒业的记者、制片人、摄影师、跨国集团顾问等。这些具有丰富社会经验且具研究背景的教学精英为学生提供了国际水平的优质课程。
社会科学院以学生为中心，每个大一新生都配有专门导师，帮助他们适应大学的生活。学院不仅配有雄厚的师资，提供引人入胜的课程，还为学生提供众多的课外学习和实习的机会。学院与世界各地高校合作建立了交换生计画，如美国的萨斯克汉那大学（ Susquehanna University ）荷兰的格罗宁根汉斯大学（ Hanze University ）和马斯特里赫特大学（ Maastricht University ） ; 葡萄牙的葡萄牙天主教大学（ Catholic University of Portugal ） ; 比利时的布鲁塞尔自由大学（ Universit Libre e Bruxelles ） ; 台湾的国立政治大学等等。这些交换生项目为学生提供了接触国际社会的机会，为将来融入日益全球化的工作环境打下基础。
科技学院
科技学院成立于 1989 年，至今已发展成一所由土木及环境工程系、电机及计算机工程系、机电工程系、计算机及信息科学系及数学系所组成的学院，透过一支由持有各地名校博士学位的教授、副教授及助理教授等所组成的高素质、经验丰富的教研队伍。
学院现可提供合共十六个学士学位、硕士学位及博士学位课程。其中五个四年制学士学位课程为土木工程、电机及计算机工程、机电工程、计算机科学及数学（数学教育及数学与应用），六个硕士学位课程为土木工程、电机计算机工程、机电工程、软件工程、电子商贸及数学，五个博士学位课程为土木工程、电机计算机工程、机电工程、软件工程及数学。迄今为止，科技学院已建立了 72 所实验室，用于各相关专业的教学和研究。为了进一步满足未来信息时代技术的需要，科技学院计划在不久的将来建立更多的科研实验室。
