日本除了东京大学、东京工业大学外，还有许多其他名校，以下是一些较为知名的大学：
- 国立大学：
- 京都大学：日本顶尖学府之一，以自由的学术氛围著称，是明治维新后逐步建立的 9 所 “帝国大学” 之一。在自然科学、生命科学和工程学领域表现卓越，尤其在物理学、化学和生物学等基础学科方面全球声誉突出，培养了众多诺贝尔奖得主，其 iPS 细胞研究所等是前沿科研平台。
- 大阪大学：七所旧帝国大学之一，在理工科和人文学科方面均有显著优势，在医学、齿学、药学、工学等领域实力强劲。学校注重创新和实践能力，“产学协同创新” 模式成效显著，与索尼等世界 500 强企业合作紧密。
- 东北大学：位于仙台市，是一所研究型综合大学。在材料科学、工程学、医学等领域成就卓越，其金属材料研究所研发的 “超级钢” 技术影响深远，在高温超导材料领域也有重大突破。在 2025 年泰晤士高等教育日本大学排名中位居第一。
- 名古屋大学：依托爱知县汽车产业集群优势，在材料科学、天体物理学、生命科学等领域形成差异化竞争力。其物质科学国际研究中心研发的钙钛矿太阳能电池效率突破 26%，天体物理团队对引力波事件的观测成果多次入选《科学》杂志年度十大突破。也是日本重要的研究型大学之一，培养了多位诺贝尔奖得主和国际知名学者。
- 九州大学：日本最南端的旧帝国大学，在理学、工学、医学领域构建起特色鲜明的学科集群。其智能机械系统研究所开发的仿生机器人技术、灾害医学研究中心的应急医疗体系处于国际领先水平。在 2025 年泰晤士高等教育日本大学排名中位列第五。
- 私立大学：
- 早稻田大学：日本著名的私立大学之一，商学、法学、政治学和国际关系专业尤为突出。学校国际化程度高，拥有众多国际交流项目和双学位项目，校友网络遍布全球，毕业生在商界、金融业和政府部门具有强大的竞争力。
- 庆应义塾大学：日本历史悠久的私立大学之一，以高质量的教育和庞大的校友网络著称。优势专业包括医学、法学、经济学、媒体传播等，在多个学科领域拥有领先的研究实力，其校友在日本政界、商界和文化界有着深远的影响力。
- 一桥大学：以卓越的商学、经济学、法学教育而闻名，是日本知名的社会科学类大学之一。该校注重案例学习和实践经验，与业界联系紧密，校友广泛分布在各大国际机构和企业，形成了强大的资源网络。
