日本教育资源地区分布呈现出一定的不均衡性，具体如下：
- 高等教育资源：
- 关东地区：是日本教育资源最为集中的地区之一，以东京为中心，拥有众多顶尖的国立大学和私立大学。如国立的东京大学、东京工业大学、一桥大学等，私立的早稻田大学、庆应义塾大学、MARCH 五校（明治大学、青山学院大学、立教大学、中央大学、法政大学）等。此外，千叶大学、横滨国立大学、筑波大学等也位于该地区。
- 近畿地区：又称关西地区，是除关东地区外教育质量较高的区域，以京都、大阪、神户为中心。知名的国立大学有京都大学、大阪大学，神户大学也有自己的优势专业。私立大学则有 “关关同立”（关西大学、关西学院大学、同志社大学、立命馆大学）以及京都产业大学、近畿大学、甲南大学、龙谷大学等。
- 中部地区：最知名的城市是爱知县名古屋市，有名古屋大学和名古屋工业大学等高校。此外，位于石川县金泽市的金泽大学，以及福井大学、新潟大学等县立大学教育质量也较高。
- 东北地区：主要由青森、岩手、宫城、秋田、山形、福岛六个县组成，最知名的大学是位于宫城县仙台市的东北大学，它是旧帝国大学之一。另外还有岩手大学、秋田县的国际教养大学等。
- 北海道地区：有知名的国立大学北海道大学，其农学相关专业在全日本首屈一指。此外，还有文科知名的小樽商科大学，医学知名的旭川医科大学以及唯一开设兽医学的国立大学 —— 带广畜产大学等。
- 九州地区：位于九州岛，包括冲绳县。九州大学是该地区最好的大学，除此之外，北九州大学、熊本大学、鹿儿岛大学、长崎大学以及位于冲绳的琉球大学都是不错的国公立大学。
- 中国地方：主要由冈山、广岛、山口、岛根和鸟取五个县组成，最有名的当属广岛大学和冈山大学。
- 四国地区：包括德岛、香川、爱媛和高知四县，教育资源相对较少，仅有德岛大学、香川大学、爱媛大学和高知大学四所县立大学比较不错。
- 中小学教育资源：
- 东京地区：教育资源丰富且优质。以文京区为例，素有 “文之京” 的美誉，是高收入家庭偏好的地区之一，有国立筑波大学、お茶の水女子大学等国立大学的附属小学，也有被俗称为 “3S1K”（诚之小学、千驮木小学、昭和小学、窪町小学）的传统重点小学。根据日本文部科学省的调查，文京区以 72.7 的学力偏差值在东京都内排名遥遥领先。中央区则实行 “小学选择制”，有久松小学、泰明小学等人气学校，晴海还拥有全日本最新、设备最好的中央区奥运村晴海西小学校・中学校。
- 其他地区：日本的公立中小学实行学区制，学生按居住地就近入学，且教育资源相对均衡，因为校长和教师采用轮换制，学区房对教育质量影响较小。但整体而言，大城市的中小学在硬件设施、课程设置等方面可能会比地方城市更具优势。
- 国际学校资源：主要集中在东京、大阪、横滨等国际化程度较高的城市，尤其是东京的港区、江东区、涩谷区等区域。其中东京有 26 所，占日本全国 68 所国际学校的近一半，大阪有 6 所，横滨有 6 所，名古屋有 5 所，京都有 5 所。
