设有学术院、大学本科和研究生院及附属机构。
学术院包括，政治经济学术院、法学学术院、文学学术院、教育・综合科学学术院、商学学术院、理工学术院、社会科学学术院、人类科学学术院、体育科学学术院、国际教养学术院等10个学术院。
大学本科则包括政治经济学、法学、商学、社会科学、教育学、文学、文化构想学、基干理工、创造理工、先进理工、人类科学、运动科学、国际教养等13个学部。
研究生院有政治学、经济学、法学、文学、商学、社会科学、理工学、教育学等20个研究科。
附设机构：图书馆、戏剧博物馆、产业经营研究所、比较法学研究所、系统科学研究所、铸物研究所、大学史编纂所、环境保护研究中心、电子计算机研究室等机构。另有高等学院、专门学校、实业学校、高中和初中等多所附属学校。
展开崭新的学术体制ー学术院
学术院为包含系统中的研究生院、研究院、学部等的整个系统之决策机关。一边整体的掌握学术研究，一边藉由学术院教授会作充分审议，学术院长可迅速执行教学规则、大学校规、本科生院规以及研究生院规等的制定、修改或废除及运用等相关事项。
具体的审议事项，例如:有关本科生院教授会审议事项中的各本科生院学生的教学事项等，改成委托各个学术院教授会或本科生院营运委员会审议。
有关独立研究院营运协议会
不以本科生院作基础的研究院〔亚洲太平洋研究院、日本语言教育研究院、公共管理研究院、全球信息及电信研究院、信息、生产及系统研究院、法学院 （法学研究院）、金融学研究院、会计学研究院、环境及能源工程研究院、教职研究院〕称为独立研究院。自2009年4月起，所有的独立研究院，都归入某个学术院，设置独立研究院营运协议会，作为讨论整个独立研究院共同的重要事项的会议主体。
办学宗旨
早稻田大学以追求“学术的独立、学术的活用、造就模范国民”为建校宗旨。
1、追求「学术的独立」是指强调研究和调查的自主性，并鼓励有独创性的研究，以提高学术水平。
2、提倡「学术的活用」是指努力培养应用知识的能力，并且以学术研究来促进文明的进步。
3、「造就模范国民」是指提倡尊重和建立每个人的个性，创造文明的家庭，提高整个国家和社会的素质。同时，要培育在世界各地能够施展才华的人才。
该宗旨在1913年的30周年校庆时确立并公布于世。
