根据 1887 年制定的学位令，医学博士是日本文部大臣授予的 5 类博士之一。日本第一位医学博士池田谦斋，曾任东京大学医学部初代综理。
在日本，有别于医学学士和通过国考并注册入会的“医师”，在大学院医学研究科修完博士课程并通过博士论文审查的课程博士、博士论文获得大学听证会认可的论文博士，都会被授予“博士（医学）”学位。
医学博士看重的是申请者的学术成就，并不要求必需取得医师资格证。可以说，医学博士与医师资格证无关，非科班人员也有机会获得医学博士的机会。因此，现在没有医师资格（主要是医学部以外的理科毕业生）而在大学院取得医学博士的人越来越多。与之对应的，非科班人员即使取得医学博士学位，也没有参加医师国考的资格。
另外，博士授予对象是学术优秀者，而这并不意味着临床医术优秀。所以，反观日本医学界，以临床医学为例，比起学术认定的博士，更重视获得临床技术认定的“学会认定专门医师”。日本的医师也逐渐不再积极地去攻读博士学位。
日本的学术博士，在英文的结业证明等相关材料上多以 Ph . D ( Doctor of Philosophy ）标注。医学博士的英文标记是 Ph . D . in Meical Science ，或者 Doctor of Meical Science 等。与之类似的有 M . D （ Doctor of Meicine ），但美国的 M . D . 是授予医学院毕业者的专门职业学位，相当于日本授予攻读医学课程（医学部医学科等）毕业者的医学学士。因此，不是科班出身的医学博士在日本不可以以 M.D. 自居。
