然而，因為计算时偏重基準的不同，大家常用的世界大学排名，事实上与日本人心目中的排行是有所出入的。因此建议在报考日本大学时，也必须同时参考日本国内的大学排行(等级排名)。
日本大学的世界排名
首先要先有的一个观念是，无论是上述的QS世界大学排名、THE(泰晤士)世界大学排名、或者其他的国际机构的排名都倾向低估日本大学的程度。為什麼这麼说呢？
可以发现在日本人心目中的S级大学–庆应义塾大学(日本国内大学分级会在接下来详细解说)，在THE(泰晤士高等教育)世界大学排名中完全排不上名，甚至在QS世界大学排名中也居於九州大学、北海道大学之下。
同样地在日本孕育出许多商科人才，在商界评价非常好的一桥大学，在上述两个世界大学排行榜中连前五百名都挤不进去，由此可见世界排名与实际的落差。
日本大学排名在世界被低估的原因
為什麼会出现这样的现象呢？原因就出在世界大学排名基準中，『论文被引用数』及『国际化程度』(教授与留学生是外国人的比例)，常是两个很重要的评分标準，而这对於日本大学来说相当不利。原因如下:
日本大学的论文常是以日文写作，而非国际通用的英文，因此在世界上被引用的机会就相对较少
论文被引用数对於没有理工科系的专门大学尤其吃亏，例如上述的一桥大学只有商、经济、法、社会科学四个学系，而文科的论文数本来就较理工科系少
日本大学授课多以日文进行，因此对於有意到日本任教或求学的外国人来说，先花一两年时间学习日文是第一步，自然影响日本大学裡的外国人比例
THE(泰晤士高等教育)世界大学排名日本版
因為上述的原因，THE世界大学排名就另外做了一份仅以日本大学為对象的排名。相较於世界版以「研究力」為评分基準，日本版则更重视的是「教育力」。
考量大学整体的教育环境及学生学习的品质，以「教育资源」、「教育充实度」、「教育成果」、「国际性」这四大分野的16个项目為指标，再加上反映学生实际感受的学生调查，做出一份不同角度的日本大学排行。
2022 THE世界大学日本版排名
名次 学校名称
1 东北大学
2 东京大学
3 东京工业大学
4 大阪大学
5 京都大学
6 北海道大学
7 九州大学
8 名古屋大学
9 筑波大学
10 广岛大学
11 庆应义塾大学
12 国际基督教大学
13 早稻田大学
14 神户大学
15 东京医科齿科大学
16 一桥大学
17 国际教养大学
18 会津大学
20 上智大学
