香港中文大学（深圳）实行书院制，目前有逸夫书院、学勤书院、思廷书院以及祥波书院。书院为学生提供宿舍、食堂、自习室、公共厨房、洗衣房等生活和学习设施，绘画室、会议室、乐器排练室、健身房等多种功能房。此外，书院活动种类丰富，各类课外活动有助于培养学生的兴趣，开拓学生视野，培养团队合作精神，训练学生的组织和领导能力。书院不定期邀请海内外著名学者、艺术家、社会领袖、行业杰出人士及大学教授、书院院长或老师，与学生在研讨会、周会、讲座及茶聚等活动中交流，分享其真知灼见和个人经历，开阔学生视野。
书院制是实现通识教育和专才教育相结合，力图达到均衡教育目标的一种学生教育管理制度。香港中文大学（深圳）传承书院制的独特育人体系，所有学生分别隶属于不同书院，建立各自的书院文化。书院的责任在于打破学院和专业的界限，将不同学科和文化背景的学生聚集在一起，培育宽容的视野，师生共同生活，导师悉心指导人生方向，促进师生密切交流，朋辈一同成长。
书院注重全人发展，提供众多非形式教育机会，与学院的专业课程相辅相成，也让师生关系重回到了本真状态。书院鼓励师生通过交流互相学习，并举办形式和内容多样的集体活动来授予学生人际交往沟通和礼仪等软技能，提高学生的文化素质、审美品味、自信心和责任感，发挥个人成长的潜力。
