以下排名不分先后。
1 東京大学理科三類 ( 医学部 )
在日本的医科大学中，门槛高度之最，淘汰率之高，令人乍舌。但也因此，保证了东大在亚洲大学第一的地位。 东京大学的医学部有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科，特别是脑外科在世界上十分有名。
2 庆应义塾大学医学部
私立大学中的最好的名校，但是私立大学医学学费过于昂贵，不适合工薪家庭留学生选择。 庆应义塾大学 医学部创建于 1917 年，它的建立与福泽谕吉的影响密切有关。福泽最早在大阪的医学者绪方洪庵开办的适塾中学医，深知实学的重要，对医学产生浓厚兴趣，并积极支持开办医学。当时从 德国 归来的世界知名细菌学者北里柴三郎在福泽的要求下出任首届学部长。该部已培养出 7,000 余名毕业生，他们活跃在世界各地，在医学教育、研究、医疗保健、医务行政等方面均作出了很大贡献。位于信浓汀校区的新建大学附设医院为日本屈指可数的几个最先进医院之一，全部由计算机控制，有 360 个终端， 1071 张病床，每日就诊人数可 3700 多人。
3 京都大学医学部
京都大学与东京大学，其实是类似中国的北大和清华的竞争关系，一般来说东大的文科强，京大理科强。 含有基础和临床两大分部的若干系科共有 39 个，附属机构有校医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等。学系包括基础医学系、临床医学系等。
4 大阪大学医学 部
同为日本 7 所帝国大学之一的大阪大学，质量自然不差， 2019 QS 世界排名 67 ，比浙江大学还要高。 大阪大学医学相关专业有如下几个学部：医学部：是阪大最老也是最具特色的学部，附设动物实验所、生物医学教育中心等研究机构。牙科学部：在日本教育界最具权威，世界领先水平。是日本国立大学中率先开展口腔教学和牙科健康教育的大学。药学部：有医学系的药学部发展而来，含药学和制药化学两系，附设药用植物园。
5 東京医科歯科大学医学部
日本最好的牙科大学，其综合实力毋庸置疑，学牙科，就到东京医科齿科大学。 东京医科齿科大学是 1928 年建立， 1946 年开设大学教育的日本国立大学。该校的齿学部也是日本最早成立的公立牙医学教育机构，其学术地位和专业性都紧追在东京大学之后。尤其因为东大没有齿科，东京医科大被称为 “ 齿科的东大 ” 。东京医齿大的学部仅有 2 个，分别是医学部和齿学部。医学部的主要学习内容是针对各种疾病的治疗和预防、健康的保持等，并将其成果广泛应用到医疗保健上。齿学科自 1928 年成立以来，就一直是日本齿科医学发展的支柱和骄傲。
