1、机械数学系；2、物理系；3、电子物理系；4、物理技术系；5、应用数学和控制系；6、计算机系；7、化学系；8、地质系；9、生物土壤系；10、农业经济资源利用和环境保护系；11、经济系；12、商务系；13、国际管理系；14、新西伯利亚法学院；15、法律系；16、哲学系；17、文艺学院；19、心理学系；20、外语系；21、历史系；22、军事教研系；23﹑孔子学院。
其中大部分院系接收外国留学生，个别院系不接收外国学生报名，比如：军事教研系，物理系个别方向。
托木斯克国立大学预科系成立于2014年，之前隶属于文学系。因为很多同学关心预科系的情况，在此为大家简单介绍一下预科系。
预科系适合于没有俄语基础并且想选择俄语项目的学生。学制一年，不属于主要教育体系内。一年结束后同学们参加预科结业考试和准备报考本科或者研究生的入系考试。如果通过入系考试，那么即可顺利入系，进入本科或者研究生专业学习。
预科系以前是10月1日开学。从2018年起，预科分为两个项目：9月1号开学和10月1号开学，学年都是截止到下一年的6月。9月1号开学的项目学费是160000卢布一年，10月1号开学的项目学费是156000卢布一年。9月开学的项目比老项目多学一个月的俄语，建议准备就读研究生专业的同学选择。
预科采取全年俄语教育和半年加开专业课的教学模式。开学按照水平分班，因为有的同学在国内学过一些俄语。在几个月后再根据大家的水平进行重新分班。在第二学期，预科班在俄语课的基础上加开专业课。专业课同学们是到各院系去学习，各院系的老师负责专业课的讲解。
除此之外，从2017年起，预科开设了冬季招生项目，10人成班，学制是1.5年。一年的俄语学习时间和半年的专业课，在一年半结束后参加入系考试。通过入系考试即可进入到主要教育系统中学习。
