第一学院—航空工程学院
航空工程学院是莫斯科航空学院1930年成立时建立的第一所学院，当时是为了俄罗斯的航空工业培训工程师，是莫斯科航空学院发展其他学院的一个基地。学院培养高技能，高素质的航空设计工程师。
第二学院—飞行器动力装置学院
该学院是世界上最早提供培训设施和理论研究的学术中心，设计和制造所有用于现代飞行器的各种类型的发动机的技术，其中包括喷气飞机发动机和直升机;液体和电火箭发动机和太空交通工具的动力装置。
第三学院—控制系统，信息系统和电源系统学院
第四学院—飞行器的无线电学院
该学院提供给学生系统地教育，创意科学活动的机会，以及在无线电电子学和数据通信等不同领域的实践活动。
第五学院：莫斯科航空学院经济工程学院
这所学院旨在培养学生在经济学、管理学、财政、工商管理和商业法在航空和其他高科技工业这一领域的应用。课程侧重于国际业务经验的培训以及俄罗斯目前经济情况的分析。
第六学院--航天和火箭技术工程学院
这所学院提供航空航天器的设计与研究等航空航天专业领域内的专业教学。
学院所提供的课程涵盖了航空航天工程，并且提供全方位的3个领域的具体研究
第七学院--机器人与智能系统
这所学院是唯一的一种,根据俄罗斯提供训练,全面的训练的学生为他们的事业做好准备生产相关的飞行工具-机器人复合体
第八学院——应用数学和应用物理学院
第九学院——应用力学学院
这个学院是在俄罗斯和其他国家被广泛认可的。因为学院的教学计划不仅基于传统,而且还有着独特或罕见的课程，这里的毕业生能够胜任研究所和工程机械部门的工作。
第十学院——人文工程学院
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