京大从创校以来就有理重于文的传统，在全校的学部、研究所、教学与科研中心中理科明显占优势。一向注重于学术上的高标准，尤以理科著称，因而形成了自在特色的“京都学派”。人们曾这样形容“京都学派”：京都大学的学者教授们“十分执着于理论研究，即使在常人看来芝麻一样的小事，京大教授了会饶有兴趣，只要合乎学术道理的，就会义无反顾地去做”。这个学派最早是京大文学部著名的哲学家西田几多郎以及他的弟子田边元、三木清等人倡导发起的，原意是指他们对日本哲学的研究有独到的见解，后来日本学术界引伸为京都大学毕业出来的“不问实际，只管求知”的一群人。正是他们这种“兴趣”和“执着”才使京大成了科学家的摇篮。 从机构的设置和科学研究的组织上也可以充分看出京都大学的特色。有不少研究所和中心是全国独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而无论在研究课题和研究成果上在日本均很有影响。这不仅可以从前述一些具有独家性和独特性的研究所建制中反映出来，而且一些研究设施也很引人注目。
校区：京都大学除了宇治校区(理科一些研究机构设在这里)位于离校本部15公里外的宇治市外，其它的几个校区基本连在一起，从北到南的4个校区是：北校园，包含部分研究所、中心、理学部、农学部等机构;西校园，本部校区、人文科学各学部、工学部以及学校行政机构;南校园，包含教养学部、医学部以及它们的研究设施、药学部和医院寄托家园 图书馆：全校共有55个图书分馆，几乎每个学部及研究所均有自己的图书室。1990年全校总藏书量为4，857，357册，仅1989年一年用于购置图书期刊的经费就达13亿日元，包括定购3，000种杂志和27，370册新书以及其他的情报信息资料。全校图书馆建设先后经过四次革新新，新图书馆于1984年建成，共有面积14，000平方米，存书250，759册;存期刊3，800种(其中西文1，800种)。此外，还有珍、希本图书5万多册，其中包括39种170册国家指定的重要文物图书。全部资料对外开放，并不时举办展览。仅1985-1987年就公开展出过7次。京都大学建成了遍布整个校园并与国内外大学接通而能随时互换信息的高速情报通讯综合网络系统，这在日本大学中还属首家。下一阶段的目标将是实现会议电视化。
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