芝加哥大学的前身是由美国浸信会建立的一所教会学校，该校与芝加哥大学同名，但在1886年由于财政问题而倒闭。美国石油大亨约翰·洛克菲勒(John D. Rockefeller)憧憬这里会诞生一个与哈佛和耶鲁比肩的大学。1890年7月9日，约翰·洛克菲勒(John D. Rockefeller)最初承诺的60万美元(折合今天的2500多万美元)，加上美国浸礼会教育协会(American Baptist Eucation Society)和马歇尔·菲尔德(Marshall Fiel)的捐款，帮助芝加哥大学(University of Chicago)的成立。
洛克菲勒选择年仅35岁的著名教育家威廉·哈珀（Willian R. Harper）作为筹备芝加哥大学的助手，1891年7月1日，哈珀因为出色的工作被任命为首任校长。威廉·雷尼·哈珀（William Rainey Harper）设想了一所“全新的、但又像古山一样坚固”的大学——一所现代研究型大学，将结合一所英式本科学院和一所德式研究生院。这所大学的第一批建筑模仿了牛津大学使用的英国哥特式建筑风格，包括塔楼、尖塔、回廊和怪诞建筑。
哈伯聘请了尽可能高质量的教师，包括几位大学校长，他们被芝加哥大学的伟大学者社区的理念所吸引。在纪念芝加哥大学1902年成立十周年的演讲中，哈珀提醒他的听众芝加哥大学最重要的传统:“在所有学科上的完全言论自由，”他宣称，“从一开始就被视为芝加哥大学的基本原则。”无论现在还是将来，这一原则都是不容置疑的。”
这所学校诞生了芝加哥经济学派等众多知名的芝加哥学派，创立了法律经济学，是经济学、法学等社会科学学科的世界级学术重镇；而从曼哈顿计划起大批科学家汇集于此，在“原子能之父”恩利克·费米等人的领导下建立了世界上第一台核反应堆并创办了美国第一所国家实验室阿贡国家实验室和著名的费米实验室，奠定了芝大在自然科学界的重要地位。
芝加哥大学的学术单位主要包括本科学院部（Unergrauate College）、研究生院（Grauate Schools）、法学院 （Law School）、布斯商学院 （Booth School of Business）、普利兹克医学院 （Pritzker School of Meicine）、哈里斯公共政策学院（Harris School of Public Policy Stuies）、神学院（Divinity School）、社会服务管理学院（School of Social Service Aministration）、格雷厄姆职业学院（Graham School of Continuing Liberal an Professional Stuies）。芝大的教育观念强调“宏观与实验”精神、注重对纯理论和大师经典学习研究的教学方法， 教学中十分注重培养学生的独立思考精神和批判性思维，鼓励挑战权威，鼓励与众不同的思维方式和观点。学校便以实现通识教育为目标，采取核心基础与专业课程分离的政策。对于刚进入大学的新生，在大一大二时必须修毕校方所指定的所有核心课程学分，修完指定的核心课程学分后，学生在大三大四可以依自己的兴趣专攻学校所提供的五大系，50个主修专业和28个辅修专业。芝加哥大学天文学、地球科学、经济学、地理学、历史学、语言学、物理学、数学等学科在美国具有较强的学术实力，其中经济学、社会学、数学、和物理学是芝大的特色学科。
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