说来话长，东京理科大学与最高学府东京大学有着密不可分的关系。原来学校前身是明治14年﹙1881年﹚由21名东京帝国大学（今东京大学）毕业生创办的「东京物理学讲习所」（后更名东京物理学校）。
在创建初期，学校仅仅在晚上才上课，而且教室是从一所小学租来的，教学用的设备和物品都是从东大借来的，用完后必须马上还回去，条件非常艰苦。大学创立以来以“实力主义”——只允许真正具有实力的学生毕业作为教育方针，所以学校的留级率较一般大学较高，每一个走出校门的理大人都是不可小觑的实力派。校本部位于日本东京都新宿区的神乐坂，日本大文豪夏目漱石的小说《坊っちゃん》中，主角所在的“物理学校”，就是现在的东京理科大学。
2015年，曾毕业于此的大村智教授，获得了诺贝尔生理学医学奖，这是东京理科大学130多年历史上第一位诺贝尔奖获得者，同时也是日本历史上第一所诞生诺贝尔奖的私立大学。
