一、专业性质不同
1、生物信息学：是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，是，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。
2、计算生物学：是生物学的一个分支，是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模和计算机仿真技术等，用于生物学、行为学和社会群体系统的研究的一门学科。
二、研究内容不同
1、生物信息学：通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。
2、计算生物学：运用计算机的思维解决生物问题，用计算机的语言和数学的逻辑构建和描述并模拟出生物世界。
三、研究方法不同
1、生物信息学：以数据（库）为核心，数据库的建立，生物学数据的检索，生物学数据的处理，生物学数据的利用：计算生物学。
2、计算生物学：各种计算方法已开始广泛应用于药物研究，以及研发创新的、具有自主知识产权的疾病靶标和信息学分析系统等。同时，运用计算生物学，科学家有望直接破译在核酸序列中的遗传语言规律，模拟生命体内的信息流过程，从而认识代谢、发育、进化等一系列规律。
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