通常来说我们习惯将生物工程和生物医学工程放到一起讲，事实上从美国大学的院系设置也会看到，二者是相同的，研究方向会有很多重合，只不过院系名称不同而已。但是严格来说，两者的侧重点不同，生物工程是涉及医疗，制药，食品，农业，环保，轻工等有关人类衣食住行各个行业的新型工程领域，是运用生物学，化学和工程学等学科相结合的方法，利用生物体生产人类需要的产品，改造生态系统和环境的应用技术体系。它覆盖基因工程，生物信息学，生物反应器工程，生物分离工程，生物技术制药，农业及海洋生物工程，医用生物工程和生物工程管理。由此可以看出，生物医药工程是包含在生物工程里的，只不过现代医药研究的快速发展，使大家更为关注医疗健康，故生物医学工程专业的关注度会更高一些。
约翰霍普金斯大学
约翰霍普金斯大学的生物工程专业在 US News 上排名第一，同时属于学校的医学院和工程学院。研究领域包括 生物医学成像，计算基因组学，计算医学，数据密集型医学科学，基因表观组工程学，神经工程学，再生和免疫工程学，系统生物学。
除了传统的两年制硕士学位以外，学生可以选择以下七个方向，用一年的时间来拿到学位，这七个方向包括：生物工程创新与设计，生物医药数据科学，生物成像与设备，计算医学，神经工程与技术，再生与免疫工程学，系统生物学
哥伦比亚大学
30 个学分， 18 个学分的必修课， 12 个必须与生物工程相关的选修课，课程涵盖细胞与组织工程，生物机械学，生物信号与生物医学成像，神经生物学，基因与系统生物学，计算生物学，仿真材料学，生物材料学，纳米技术，生物系统机器人学和控制论
US News 上关于生物工程 / 生物医学工程前三十名的专业排名
1. 约翰霍金斯大学
埃默里大学
加州大学圣地亚哥分校
杜克大学
麻省理工学院
斯坦福大学
加州大学伯克利分校
宾夕法尼亚大学
莱斯大学
密歇根大学安娜堡分校
华盛顿大学
波士顿大学
哥伦比亚大学
康奈尔大学
西北大学
明尼苏达大学双城分校
华盛顿大学 ( 圣路易斯 )
凯斯西楚大学
匹兹堡大学
德州大学奥斯汀分校
加州理工学院
哈佛大学
加州大学戴维斯分校
威斯康星大学麦迪逊分校
范德比尔特大学
卡内基梅隆大学
加州大学洛杉矶分校
弗吉尼亚大学
耶鲁大学
伊利诺伊大学香槟分校
