1949年，香港人口暴涨，致使中文授课教育的需求激增，对香港高等教育构成沉重压力；另一方面，亦为香港带来了大批出色的内地学者和教育家。他们在资源匮乏的情况下开办不少“难民学校”，讲授专上程度的课程，协助南来及本地青年继续学业。其后中文大学的三所成员书院（新亚书院、崇基学院、联合书院）就是在这一时期孕育出来的。
新亚书院成立于1949年，为国学大师钱穆、当代新儒家代表人物唐君毅等人创办，其教学宗旨在于“上溯宋明书院讲学精神，旁采西欧大学导师制度，以人文主义之教育宗旨，沟通东西文化，为人类和平、社会幸福谋前途”。
建校初期，规模极小，师生不过数十人。1950年3月改组并易名为新亚书院，由钱穆先生任院长兼文史系系主任，唐君毅先生任教务长兼哲学系系主任，张丕介先生任总务长兼经济系系主任，杨汝梅先生任商学系系主任，赵冰先生任法律顾问。
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新亚早年的教授有为国民政府教育部高教司司长的吴俊升先生、书法家曾克端、历史学家左舜生、甲骨文专家董作宾、国学家饶宗颐、罗香林等。书院以中文教学，并教授官立学校所缺乏的中国文化课程，被视为中国儒学的复兴基地及宋代书院文化的延续。
崇基学院由前广州岭南大学校长李应林、前上海圣约翰大学校主席欧伟国及香港圣公会领袖何明华会督于1951年创办，代表基督教在华发展高等教育传统的延续。
该校继承以前在中国国内十三间基督教大学之精神，依据中国基督教之传统，提供高等教育，以中文为主要之授课语言，并以融合基督精神与中国文化精神，开拓博爱包容、自由开放之风气，培养学问通达、襟怀广阔，具有世界文化视野的人才为宗旨。
崇基学院创办之初，仅有学生六十三人，借用港岛圣约翰大礼拜堂及圣保罗男女中学上课。其后再租赁坚道147号楼房及下亚厘毕道之圣公会霍约瑟纪念堂为校址。
蒙香港政府在新界马料水拨赠土地一段，面积共计十英亩，并于其地增建火车站（现名为大学站），该校乃于1956年迁至新界马料水村永久校址。
联合书院由广侨、光夏、华侨、文化及平正会计专科学校五所私立书院合并组成 。这五所书院是从广州或邻近地区南移的私立大学，与香港有密切渊源。
1956年初，美国哥伦比亚大学校长柯克教授访港，建议把各院校力量集合起来，五所书院遂于同年6月宣布组成“香港联合书院”。
该校秉承“明德新民”校训，肩负促进中西文化交流的使命，因应香港所需，与时并进，通过全人教育及群体生活，提升学生的品德情操，为香港社会、中国以至全人类服务。
1957年，联合书院依据香港政府法案成立校。联合书院创校董事会主席及首任校长为蒋法贤医生，校本部设在香港坚道一百四十七号，有学生六百多人。
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