全日本47个都、道、府、县每个县都至少有一所。日本综合排名前十的大学均为国立大学，其中不乏东京大学，京都大学，东京工业大学等世界顶尖的院校。此外，由于其学费是三类大学中最便宜的，国立大学深受广大考生欢迎，因此竞争也尤为激烈。
日本国立大学的优势
①大学的自主权
与中国的大学各方面都受制于政府部门不同，日本的大学拥有高度自治权，并且学术自由，受到日本宪法保护（日本国宪法第23条）。不只是私立大学，国立、公立大学也不例外。因为大学的高度自治，所以哪怕日本的执政党是右翼势力，留学生也不需要太担心自己的求学之路会受到干扰。
②诺贝尔奖的摇篮
作为全世界最权威、最有含金量的学术奖项，一个国家的诺贝尔奖获得者数可以成为衡量其教育水平的佐证。作为培育优秀学者的摇篮，日本23所诺贝尔奖获得者均来自国立大学，其中人数之最为东京大学和京都大学。
③低廉的学费
日本国立大学的学费统一为535,800日元一年。即使汇率大幅动荡，也能将换算后的学费稳定在3万人民币左右，其费用远低于与其同等层次的欧美大学及日本国内的私立大学。此外，国立大学的留学生很多能够享受学费半免的待遇，部分优秀的留学生还可以享受全免及奖学金待遇。
日本国立大学的劣势
地处都市圈的国立大学可谓是各方面无可挑剔，而位于地方的国立大学则时常会因其较偏远的地理位置而稍处劣势。
日本对于&lquo;地方&rquo;的定义是指&lquo;三大都市圈&rquo;以外的地区。在这里&lquo;三大都市区&rquo;指的是：首都圈（东京都，神奈川县，千叶县，埼玉县），中京圈（名古屋所在的爱知县，岐阜县,三重县）以及近畿县 ﹙大阪府，京都府，兵库县，滋贺县，奈良县，和歌山县）。然而实际上，岐阜县、三重县、滋贺县、奈良县，和歌山县在很多时候也是被当作&lquo;地方&rquo;。位于&lquo;三大都市圈&rquo;以外的国立大学则被称之为&lquo;地方国立&rquo;。
考虑到留学生无法成为日本的公务员，在就职方面来讲，地方的企业数量比较少，其中收留学生的企业就更少了。如果毕业后计划回国工作，那么地方国公立大学是不二之选。但是如果想留在日本就职，大三大四期间就不得不奔波往返于都市圈（日本大公司一般选择在都市圈召开说明会，座谈会及面试），对于就职生而言，精力及金钱方面都会是一个考验。这也是为什么有不少日本学生和留学生会优先选择在都市圈的名牌私立大学就读的原因。当然，对于想在学术的道路上继续深造（尤其是理科生）亦或减轻家里负担的留学生来说，在地方国立上学也是不错的选择。地方缓慢的生活节奏和的环境很适合长期居住生活居住。
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