日本原先的七所帝国大学，除了“帝国”二字已经不再，学校依然存在，即东京大学、京都大学、东北大学、大阪大学、九州大学、北海道大学，名古屋大学。七所大学的总体教学科研水平，在日本无疑都是一流的。东京大学、京都大学在世界上也堪称一流大学。以下略作介绍。
1869年8月，明治政府接办了幕府的昌平学问所、开成所、医学校，将其合并，总称大学校并继续各校原有特点：昌平学校讲授汉学(儒学)、国学；开成所讲授洋学，医学校讲授西方医学。开成所为南校，医学校为东校。1877年4月，日本政府合并大学校的南校和东校，建立东京大学(东京帝国大学前身)，设法、理、文、医四个学院，另设大学预科。1886年更名“帝国大学”， 1897年更名“东京帝国大学”。1947年9月正式定名“东京大学”，是日本在世界上最著名的大学。
“帝国大学”之所以在1897年更名为“东京帝国大学”，是为了区别于同年在京都创立的京都帝国大学。东京大学和京都大学是分别位于关东和关西的日本大学“双璧”。当年建立京都帝国大学的初衷，就是给东京大学配置一个竞争对手。在国际上，特别在中国，很多人对京都大学不甚了解，实际上，京都大学在方面均毫不逊色于东京大学。例如，京都大学迄今共获得9个诺贝尔科学奖，超过东京大学的6个，占日本获诺奖总数1/3以上，而且日本最先获得诺贝尔科学奖的都是京大学人：汤川秀树（物理）、福田谦一（化学）、利根川进（医学及生理学）；另外还有2人获世界数学最高奖菲尔茨奖。
紧随东京大学和京都大学的是位于仙台的东北大学。现在日本政府已定三所顶尖大学（top3），即东京大学、京都大学、东北大学。在帝国时代，这三所大学也是最牛掰的大学。名古屋大学虽然在帝国大学中历史最短，但可谓后来居上。特别是名古屋大学的工科，相当强势。在本世纪4次获诺贝尔科学奖。
今天，日本大学分成三类：国立、公立、私立。除了七所帝国大学，其他有些国立大学有独特优势，如东京工业大学的工科、一桥大学的经济学科都很强。现在，日本各都道府县都有国立大学（注意：以县命名的不仅未必是国立大学，而且有些是三流大学）。公立大学是获地方财政支持的大学。例如，日本除了大阪大学（国立大学），还有大阪府立大学、大阪市立大学。私立大学中最牛的是庆应义塾大学和在中国很有名的早稻田大学。只是，和东大、京大等强校相比，私立大学还是明显落后的。例如，私立大学迄今和诺贝尔科学奖无缘。
东京大学标志：红门
京都大学标志：大树
