京都大学的大学院一共有二十一个大类研究方向。
文学研究科:文献文化学专攻——文献文化学东洋系(国语学国文学专修、中国语学中国文学专修、中国哲学史专修、印度古典学专修、佛教学专修),文献文化学西洋系(西洋古典学专修、斯拉夫语学斯拉夫文学专修、印度语学印度文学专修、英语学英美文学专修、法语学法国文学专修、意大利语学意大利文学专修)
思想文化学专攻——哲学专修、西洋哲学史(古代、中世、近世)专修、日本哲学史专修、伦理学专修、宗教学专修、基督教学专修、美学美术史学专修
历史文化学专攻——日本史学专修、东洋史学专修、西南亚洲史学专修、西洋史学专修、考古学专修
行动文化学专修——心理学专修、言语学专修、社会学专修、地理学专修
现代文化学——科学哲学科学史专修、情报*史料学专修、二十世纪学专修、现代史学专修
教育学研究科:教育学环专攻(教育*人类科学领域、教育认知心理学领域、临床心理学领域、教育社会学领域、连携教育学领域)
1928年的京大时钟楼
法学研究科:公法系(宪法、行政法、租税法、国际法),民刑事法系(民事诉讼法、民法、民法消费者法、知识产权法、经济法、商法、国际私法、国际贸易法国际私法、社会保障法、劳动法、刑法、刑事诉讼法、刑法、刑事学),基础法系(法社会学、日本法制史、罗马法、东洋法史、西洋法史、英美法、德国法、法国法),政治学系(行政学、国际政治学、政治学)
经济学研究科:工作环境政策与乡村发展研究、商业历史与行业政策研究、国际贸易与金融研究、社会政策与劳动研究、发展和转型经济研究
理学研究科:数学数理解析专攻、物理学宇宙物理学专攻、地球惑星科学专攻、生物科学专攻
人间*环境学研究科:共生人间学专攻、共生文明学专攻、相关环境学专攻
情报学研究科:智能情报学专攻、社会情报学专攻、先端数理科学专攻、数理工学专攻、系统科学专攻、通信情报系统专攻