澳大利亚的卫生系统在效力和效率方面是世界一流的：澳大利亚在健康预期寿命和人均卫生支出方面，一直是世界卫生组织表现最好的国家之一。
医保是澳大利亚的公共卫生系统，提供免费公立医院护理和初级保健补贴。医疗保险确保所有澳大利亚人都能以很少或免费的价格获得广泛的优质保健服务。澳大利亚政府与负责实地提供医院服务的州和地区政府密切合作, 为卫生系统提供大量资金。私营卫生部门是对公共系统的补充。
非土著澳大利亚人口的健康状况总体良好, 出生时平均预期寿命为 83岁 (男子 80岁, 妇女 84岁), 是世界上最长寿的人口之一。有些群体的健康状况很差, 提高土著人民的预期寿命是国家的优先事项。一般来说，澳大利亚的疾病模式与其他发达国家相似。
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澳大利亚是世界上为数不多的没有最严重病虫害的国家之一。澳大利亚作为高质量、清洁农产品出口国的声誉在很大程度上也取决于这一因素。外来病虫害的引进可能对澳大利亚造成严重的环境和经济后果。
为了保护人类健康和澳大利亚的农业和旅游业及其独特的环境, 澳大利亚有严格的检疫要求。所有人员、邮件、货物和船只在入境前都要接受检查。
前往澳大利亚的旅客必须申报任何由植物或动物制成的东西, 包括肉类、乳制品或其他动物产品、木制品、水果、蔬菜、种子、坚果和活体动物。违反澳大利亚检疫法的处罚包括巨额罚款或监禁。
