软科中国最好学科排名的指标体系包括人才培养、科研项目、成果获奖、学术论文、高端人才五个指标类别，下设16个指标维度，共计50余项反映学科竞争力的客观量化指标。排名数据全部来自权威第三方，如教育部、科技部、国家自然科学基金委员会、国际和国内文献数据库等。
不同学科的学科点基数不同，因此竞争的激烈程度也各不相同。为此，中国最好学科排名从首次发布起就引入了百分位段的概念，在绝对数排名以外还给出了每个学科点在本学科所处的相对位置。
如果以全国前2名或者前2%作为“中国顶尖学科”的标准，根据统计，共有90所大学的236个学科点入选顶尖学科。北京大学和清华大学以24个中国顶尖学科并列各校之首。中国人民大学以10个中国顶尖学科位列全国第三，复旦大学、上海交通大学、北京师范大学、中国农业大学各有7个顶尖学科，浙江大学拥有6个顶尖学科，中国科学技术大学、南京大学、武汉大学各有5个。
全国8所高校上榜学科数超50 浙江大学居首位
按照上榜次数统计，浙江大学有59个学科上榜，领先国内其它高校，清华大学和武汉大学紧随其后，各拥有58个上榜学科，四川大学、中山大学、吉林大学、上海交通大学、山东大学的上榜学科数也都超过50个。
苏州大学是上榜学科数最多的“一流学科建设高校”，共有43个学科上榜；深圳大学是上榜学科数最多的非“双一流”高校，共有37个学科上榜。
