经过多年建设，大学现有两个国家重点实验室：中药质量研究国家重点实验室及月球与行星科学国家重点实验室，以及多个重大的研究院所及研究中心，如可持续发展研究所、太空科学研究所、澳门社会和文化研究所、澳门系统工程研究所、澳门中药国际标准中心、仲裁与争议解决研究中心、澳门传媒研究中心、澳门环境研究院、澳门金融创新研究中心、澳门电影艺术研究院。 2016 年，大学还新设了智慧城市研究院和澳门首个诺贝尔奖得主实验室 “ 生物物理与中医药实验室 ” 。
2018 年，大学获国家教育部批准，与内地四所高校共同建立人文社科重点研究伙伴基地及联合实验室。这些实验室及研究所同时兼备教研方面的功能，为培养优秀研究人才提供实践机会和研究平台，亦对澳门社会持续发展和经济适度多元发展作出新贡献。
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