澳门大学优势的学科专业有：
（最突出）电机及计算机工程、葡萄牙语、会计及信息管理、葡文法学；
（较突出）中医药、土木及环境工程、计算机科学、机电工程、应用数学、财务及企业经济；
（此外）生物医药学、数学、电子商业、政府与行政、教育学、英文、中文、传播。
教育课程
2013⁄14 年度，澳门大学共开办了 464 班通识教育课程，开设了 68 门通识课程，还举办了“通识启蒙系列讲座”。
2015 年起，澳门大学与南方科技大学合作联合培养博士生，修读年限为三至五年。前 1.5 年在澳门大学修读课程，其余时间在南科大完成科研任务，最后在澳门大学完成论文答辩，授予澳门大学学位证。
2016 年，中国科学院上海药物研究所与澳门大学中华医药研究院签订联合培养研究生合作协议。中科院微生物研究所与澳门大学健康科学学院签署关于成立“健康认知与免疫学重点实验室”合作意向书。
澳门大学与全世界多所大学建立了交流项目和学分互认协定。毕业生在欧洲，美国，中国内地，港澳台的各行业都有很多的就业，包括世界五百强企业，投资银行，四大会计师事务所等。澳门大学有多名毕业生进入名校攻读研究生，包括剑桥大学，牛津大学，华盛顿大学、田纳西大学、斯德哥尔摩大学、鹿特丹管理学院等。
澳门大学与全世界多所大学建立了交流项目和学分互认协定。澳门大学有多名毕业生进入世界名校攻读研究生，包括哈佛大学、美国西北大学、香港大学、乔治敦大学、华盛顿大学、波士顿学院、斯德哥尔摩大学、鹿特丹管理学院等。
澳大 2017 学年启动“ 3+2 ”和“ 4+x ”学习计划，参与计划的学生修读一定年期的课程后，可到世界顶尖大学继续修读课程或升学。完成“ 3+2 ”后除可取得澳大本科学位外，更可得到顶尖大学的硕士学位；“ 4+x ”则为学生在顶尖大学预留了入读名额。目前，澳大与加拿大多伦多大学和美国天普大学分别签订了课程合作协议。澳大的学生完成 4 年的本科课程后，成绩达标将保送直接修读多伦多大学的医学课程；而与美国天普大学的合作，澳大的学生分别完成 3 年的澳大课程和 2 年的天普大学课程，就可以取得澳大的本科学位和天普大学的硕士学位。
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