日本国公立大学的学费可以说是日本留学费用中最精确的一个数据了，几乎不会有任何变动，同时这个费用在众多留学国家中处于比较低的一个水平，再加上很高的教育质量，确实是性价比很高的一种留学选择。
国立大学研究生学费基本为29,700日元/月，356,400日元/年；
国立大学学部生&大学院生学费为535,800日元/年；
80%以上的国立大学大学院生﹙外国人留学生﹚都可获得50%以上的学费减免；
日本私立大学的学费标准并无多大差异，学校的声望和学费的高低并无关系。日本各地私立大学的收费标准几乎没有差异，学费一般为700,000~2,000,000日元，人文社科、商科类专业费用较低，理工类、艺术类偏高，金融、法学、医药、各大学王牌专业最高。
学费缴纳问题
无论是研究生还是院生，学费都是每半年缴纳一次。
研究生入学，以及院生入学时，都要缴纳入学金，入学金只在首次入学时缴纳。
大学院入学考试
学生通过一定时间的研究生阶段，在专业课基础知识具有一定基础后，即可参加大学院入学考试。几乎所有的大学院入学考试，皆为本研究科自主出题，考试的形式基本分为：专业课笔试、小论文、面试等几个方面。
大学院入学考试，由于本研究科自主出题，所以对于有基础的学部研究生来说，难度相对较低，但是并不是说毫无难度。学生需要多方面的准备，除了专业知识，申请人的日语、英语也需要达到一定的高度来参加面试以及英文考试。
学制问题
学部研究生的首次研究期间一般为半年至一年、如在此期间未考取院生，可向学校申请延长研究期间。修士正常学制是两年，博士3年（除医学、兽医学）。
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