它的前身是1905年成立的爱德华七世王学院（Kolej King Ewar VII）和1929年成立的莱佛士学院（Kolej Raffles）。爱德华七世王学院主要是培养医学人才，莱佛士学院是培养教育方面人才的。资格及学术水平广受世界承认，是马来西亚公认首屈一指的名校，“环太平洋大学联盟”及“亚洲大学联盟”高校。学校为QS五星大学，在2018/2019年QS世界大学排名第87位，2019年QS世界大学排名（亚洲区）排名第19位，是东南亚地区仅次于新加坡国立大学和南洋理工大学排名的大学。USNEWS 2018世界大学工科排名位居全球第10位。
1949年10月8日这两所学院合并成立了马来亚大学。它主要是为当时的马来亚和新加坡培养高级人才。这所大学发展很快，于1956年在新加坡和吉隆坡分别设立了两所分院。1960年由于新、马两国分离的原因，原吉隆坡的分校被马来西亚政府接纳为国家大学，马来亚大学于1962年1月1日正式成立。现任的名誉校长是马来西亚霹雳州苏丹——端姑·纳兹林沙陛下，现任校长是拿督阿卜杜勒·拉欣·哈欣博士。马来亚大学是马来西亚唯一一所拥有斯坦福大学、东京大学、国立台湾大学、北京大学、清华大学等名校加盟的环太平洋大学联盟（APRU，Association of Pacific Rim Universities）成员大学，与海内外著名学府都有着广泛联系。2017年4月29日，学校又加入亚洲大学联盟。
