1、考试方式和毕业就业升学等
在入学方面，国立大学要求必须参加留学生考试，而私立大学是独立的设立考试和考点。
由于国立大学在学术研究方面的优势，进入大学院在国立大学却非常普遍。
2017年東京大学3037名毕业生中，有1541人选择继续读书而非就职，比例约为50%。而早稲田大学的整体进学率只有19.5%。所以，私立大学的学生在本科毕业后更倾向于直接就职。
私立大学一般从创立之初就设立了就业支援部门，关于求人情报和求职论坛、求职咨询的信息都很丰富。
2、入学难易程度不同
日本国公立的教育水平较高，加上学费低廉，因此报考门槛高，竞争激烈。国立大学三十名都是最好的，整体教育质量和难考程度大于私立。私立大学里也有不逊色一流国立大学的学校，如东京都立、大阪市立、横滨市立等等。
3、学费不同
国立大学的学费全日本都是统一的，日本大学的学费主要分为入学金和课程费两部分。入学金通常为20万日元(1万日元约合600元人民币)到30万日元不等。课程费国立和公立大学与私立大学大概相差一半的价格，如国立东京大学一年课程的学费为53.6万日元，而私立早稻田大学则需要130万日元，某些人气高的学部比如国际教养学部、理工科和体育科，则达到170万日元的高额。国立大学约有很多的留学生学费全免，私立大学也要部分学生可以申请到学费全免。
4、设立主体不同
日本的教育法规定：国家、地方公共团体和学校法人，都可以设置学校。国家设置的学校称国立学校，地方设置的学校称地方公立学校，如横滨市立大学。学校法人所设置的学校叫私立学校，不论国立、公立和私立的学校，都需经国家教育主部门批准，都要接受国家教育部门的监督。
日本国立大学名单（86所）：
1、北海道大学( 北海道大学)
2、北海道教育大学( 北海道教育大学)
3、室蘭工業大学( 室兰工業大学)
4、小樽商科大学( 小樽商科大学)
5、帯広畜産大学( 带广畜产大学)
6、旭川医科大学(旭川医科大学)
7、北見工業大学(北见工业大学)
8、弘前大学(弘前大学)
9、岩手大学(岩手大学)
10、東北大学(东北大学)
11、宮城教育大学(宫城教育大学)
12、秋田大学(秋田大学)
13、形大学(山形大学)
14、福島大学(福岛大学)
15、茨城大学(茨城大学)
16、筑波大学(筑波大学)
17、筑波技術大学(筑波技术大学)
18、宇都宮大学(宇都宫大学)
19、群馬大学(群马大学)
20、埼玉大学(埼玉大学)
21、千葉大学(千叶大学)
22、東京大学(东京大学)
23、東京医科歯科大学(东京医科齿科大学)
24、東京外国語大学(东京外国语大学)
25、東京学芸大学(东京学艺大学)
26、東京農工大学(东京农工大学)
27、東京芸術大学(东京艺术大学)
28、東京工業大学(东京工业大学)
29、東京海洋大学(东京海洋大学)
30、お茶の水女子大学(御茶水女子大学)
31、電気通信大学(电气通信大学)
32、一橋大学(一桥大学)
33、横浜国立大学(横滨国立大学)
34、新潟大学( 新潟大学)
35、長岡技術科学大学(长冈技术科学)大学)
36、上越教育大学(上越教育大学)
37、富山大学(富山大学)
38、金沢大学(金泽大学)
39、福井大学(福井大学)
40、山梨大学(山梨大学)
41、信州大学(信州大学)
42、岐阜大学(岐阜大学)
43、静岡大学(静冈大学)
44、浜松医科大学(浜松医科大学)
45、名古屋大学(名古屋大学)
46、愛知教育大学(爱知教育大学)
47、名古屋工業大学(名古屋工业大学)
48、豊橋技術科学大学(丰桥技术科学大学)
49、三重大学(三重大学)
50、滋賀大学(滋贺大学)
51、滋賀医科大学(滋贺医科大学)
52、京都大学(京都大学)
53、京都教育大学(京都教育大学)
54、京都工芸繊維大学(京都工艺纤维大学)
55、大阪大学(大阪大学)
56、大阪教育大学(大阪教育大学)
57、兵庫教育大学(兵库教育大学)
58、神戸大学(神户大学)
59、奈良教育大学(奈良教育大学)
60、奈良女子大学(奈良女子大学)
61、和歌山大学(和歌山大学)
62、鳥取大学(鸟取大学)
63、島根大学(岛根大学)
64、岡山大学(冈山大学)
65、広島大学(广岛大学)
66、山口大学(山口大学)
67、徳島大学(德岛大学)
68、鳴門教育大学(鸣门教育大学)
69、香川大学(香川大学)
70、愛媛大学(爱媛大学)
71、高知大学(高知大学)
72、福岡教育大学(福冈教育大学)
73、九州大学(九州大学)
74、九州工業大学(九州工业大学)
75、佐賀大学(佐贺大学)
76、長崎大学(长崎大学)
77、熊本大学(熊本大学)
78、大分大学(大分大学)
79、宮崎大学(宫崎大学)
80、鹿児島大学(鹿儿岛大学)
81、鹿屋体育大学(鹿屋体育大学)
82、琉球大学(琉球大学)
83、政策研究大学院大学(政策研究大学院大学)
84、総合研究大学院大学(综合研究大学院大学)
85、北陸先端科学技術大学院大学(北陆先端科学技术大学院大学)
86、奈良先端科学技術大学院大学(奈良先端科学技术大学院大学)
日本公立大学名单（75所）:
1、釧路公立大学-钏路公立大学
2、公立はこだて未来大学-公立函馆未来大学
3、札幌医科大学-札幌医科大学
4、札幌市立大学-札幌市立大学
5、名寄市立大学-名寄市立大学
6、青森県立保健大学-青森县立保健大学
7、青森公立大学-青森公立大学
8、岩手県立大学-岩手县立大学
9、宮城大学-宫城大学
10、秋田県立大学-秋田县立大学
11、国際教養大学-国际教养大学
12、山形県立保健医療大学-山形县立保健医疗大学
13、会津大学-会津大学
14、福島県立医科大学-福岛县立医科大学
15、茨城県立医療大学-茨城县立医疗大学
16、群馬県立県民健康科学大学-群马县立县民健康科学大学
17、群馬県立女子大学-群马县立女子大学
18、高崎経済大学-高崎经济大学
19、前橋工科大学-前桥工科大学
20、埼玉県立大学-埼玉县立大学
21、産業技術大学院大学-产业技术大学院大学
22、首都大学東京-首都大学东京
23、神奈川県立保健福祉大学-神奈川县立保健福祉大学
24、横浜市立大学-横滨市立大学
25、新潟県立看護大学-新潟县立看护大学
26、富山県立大学-富山县立大学
27、石川県立大学-石川县立大学
28、石川県立看護大学-石川县立看护大学
29、金沢美術工芸大学-金泽美术工艺大学
30、福井県立大学-福井县立大学
31、都留文科大学-都留文科大学
32、山梨県立大学-山梨县立大学
33、長野県看護大学-长野县看护大学
34、岐阜県立看護大学-岐阜县立看护大学
35、岐阜薬科大学-岐阜药科大学
36、情報科学芸術大学院大学-情报科学艺术大学院大学
37、静岡県立大学-静冈县立大学
38、愛知県立大学-爱知县立大学
39、愛知県立芸術大学-爱知县立艺术大学
40、名古屋市立大学-名古屋市立大学
41、三重県立看護大学-三重县立看护大学
42、滋賀県立大学-滋贺县立大学
43、京都市立芸術大学-京都市立艺术大学
44、京都府立大学-京都府立大学
45、京都府立医科大学-京都府立医科大学
46、大阪市立大学-大阪市立大学
47、大阪府立大学-大阪府立大学
48、神戸市外国語大学-神户市外国语大学
49、神戸市看護大学-神户市看护大学
50、兵庫県立大学-兵库县立大学
51、奈良県立大学-奈良县立大学
52、奈良県立医科大学-奈良县立医科大学
53、和歌山県立医科大学-和歌山县立医科大学
54、島根県立大学-岛根县立大学
55、岡山県立大学-冈山县立大学
56、尾道大学-尾道大学
57、県立広島大学-县立广岛大学
58、広島市立大学-广岛市立大学
59、下関市立大学-下关市立大学
60、山口県立大学-山口县立大学
61、香川県立保健医療大学-香川县立保健医疗大学
62、愛媛県立医療技術大学-爱媛县立医疗技术大学
63、高知女子大学-高知女子大学
64、北九州市立大学-北九州市立大学
65、九州歯科大学-九州齿科大学
66、福岡県立大学-福冈县立大学
67、福岡女子大学-福冈女子大学
68、長崎県立大学-长崎县立大学
69、熊本県立大学-熊本县立大学
70、大分県立看護科学大学-大分县立看护科学大学
71、宮崎県立看護大学-宮崎县立看护大学
72、宮崎公立大学-宮崎公立大学
73、沖縄県立看護大学-冲绳县立看护大学
74、沖縄県立芸術大学-冲绳县立艺术大学
75、高知工科大学-高知工科大学(2009年4月前为私立大学)
