日本的大学分为国立大学和私立大学，两者在教育上的侧重点不太一样。一般来说，国立大学偏重于学术研究，而私立大学偏重于培养综合能力。在科研能力上，国立大学肯定是远在私立大学之上的，但是私立名门在找工作上却有一定优势。所以一定要想好自己求学的目的来选择，也不要盲目看大学排名。
在众多的国立大学中，最著名的无疑是 七大学联盟 ，就是以前的七所帝国大学，分别为： 东京大学，京都大学，大阪大学，东北大学，名古屋大学，北海道大学和九州大学。
它们分布在日本各地，都是日本著名的国立大学，特点是学科种类丰富，研究氛围好，科研综合能力强。其中， 东京大学 是一所世界知名学府，被公认为日本最好的大学，也是日本最难考的大学，东京大学学科种类齐全，基本什么专业都有，其中物理，化学，生物等理科的研究一直处于世界领先水平，而且也是日本政治家，法律人才的摇篮。同样， 京都大学 也是在国际上享有盛誉的研究型大学，几乎没有什么不强的学科，特别是在化学领域有着非常先进的研究成果。
另外， 东京工业大学，一桥大学，神户大学，筑波大学等 非帝大的国立大学也有着很强实力，属于日本国内的顶尖大学。 东京工业大学已工科见长，特别是机器人研究方面处于世界领先地位。 一桥大学 没有理工科专业，同时也是日本最强的文科大学，商科非常有名，但是入学门槛也很高。
在 私立大学 中，最有名的是 庆应义塾大学 和 早稻田大学 ， 并称为 “ 私立双雄 ”。这两个学校在日本各有优势，总得来说庆应邀略胜一头，但是早稻田在中国的名气更大。庆应大学是日本老牌贵族私立大学，学科种类丰富，学风严谨，教学能力很强。早稻田大学算是亚洲最国际化的大学之一了，留学生数量也非常的多，其中政治经济专业为其王牌专业，毕业后找工作基本不用愁。
其余还有一个国际基督大学，简称 ICU 。以及 上智大学 ，这两所私立大学在名气上仅次于庆应和早稻田。以上四所大学属于私立里面的第一梯队。
其余的私立， 关东地区 有名的是 MARCH五校 ，分别为 明治，青山学院，立教，中央，法政大学 ，全部位于东京都内。 关西地区 有名的私立大学则是 同志社，立命馆，关西大学 。
