一所面向美洲原住民青年和殖民者儿子的高等教育学校是弗吉尼亚殖民地领导人的最早目标之一。该学院于1693年2月8日根据皇家宪章（根据法律授予专利）成立，以“ 建立，发现并建立一个通用学习的地方，一所永恒的神学院，哲学学院，语言学院和其他优秀艺术与科学学院。 … [在任何时候都将得到支持和维护。 “ 为纪念现任君主威廉三世和玛丽二世而命名，该学院是美国第二古老的学院。大学的最初计划可追溯到1618年，但遭到了1622年印度的大屠杀，在政府的变化（1624年，弗吉尼亚公司章程是由国王詹姆斯一世撤销和弗吉尼亚殖民地被转移到王权的王冠殖民地），相关事件英国内战，和培根的叛乱。1695年，在威廉斯堡（Williamsburg）镇存在之前，开始在当时称为中间种植园（Virginia）的学院大楼（现称为克里斯托弗· 雷恩爵士大楼）上进行建筑。它是美国最古老的大学建筑。该学院是美国独立战争之前在美国建立的九所殖民学院之一。宪章命名为詹姆斯·布莱尔作为学院的第一任校长（他一直担任终身任命直到1743年去世）。William＆Mary成立为英国国教机构；学生必须是英格兰教会的成员，而教授则必须声明遵守《三十九条》。
1693年，该学院在伯格斯家族中获得一席之地，并确定该学院将获得烟草税和毛皮及动物皮出口税的支持。该学院为新学校购买了330英亩（1.3公里2）的地块，距詹姆斯敦8英里（13公里）。1694年，新学校在临时建筑中开放。
威廉斯堡被授予皇家宪章作为一个城市于1722年皇冠和弗吉尼亚殖民地从1699年资本1780担任在此期间，学院担任法律中心和国会议员经常使用它的建筑。它教育了未来的美国总统托马斯·杰斐逊，詹姆斯·梦露和约翰·泰勒。该学院因与美国开国元勋有着密切的联系而被称为“国家母校”。一位17岁的乔治·华盛顿（George Washington）通过这所大学获得了测量师的执照，并将作为第一任美国总理返回。威廉与玛丽（William＆Mary）以其首创而闻名：美国第一家拥有皇家宪章的机构，第一家希腊字母协会（Phi Beta Kappa，成立于1776年），是美国第一个大学社团（FHC协会，成立于1750年），是美国第一个学生荣誉守则和第一所法学院。
