与其他国家不同，日本国内并没有严格意义上官方发布的本国大学排名。这主要是因为日本大学只按地区排位，以地区上各大学的偏差值高低来决定，并没有统一排位。日本大学分为国立大学和私立大学两类，日本国立大学偏重学术研究，日本私立大学偏重社会实践，两类学校有风格差异，各有优势。
据日本文部科学省发布，日本目前拥有国立大学 86 所，公立大学 86 所，私立大学 603 所，计 775 所大学。学生数量方面，国公立大学由于学校数量较少，加上招生严格和学费低廉，所以学生数仅占全体的百分之五。
由于世界大学排名主要依据学术研究，所以担负着研究机构的国立大学有较好的世界排名和知名度，交大日本大学学术排名前十均为国公立大学。而私立大学由于已毕业学生规模在社会较多，因此在日本就职时略占优势。
日本官方没有私立大学排名，依据国立大学排名及日本民间对大学的一个印象大致分级，结合学术排名和就业水平，反应日本人眼中大学档次。另外各院校拥有不同的优势学科，诸如东京大学法学部、一桥大学经济学部、东北大学文学部、大阪大学外国语学部。
民间排名把日本的大学共分为了 S 级到 F 级。其中，S 级大学最好，是国际超一流大学；A 级其次，是国际一流大学；再往下是 B 类国内一流大学、C 类国内准一流大学、D 类国内二流大学，以此类推超过 600 所大学被归为 E、F 级别大学。
日本国内共有 775 所学部大学（学历对应我国 870 余所本科大学）及众多专门学校（学历对应我国大专、专科院校），但因中国政府不承认日本专门学校，所以大多留学生还是选择进大学。
中国国内有 112 所 211 院校、39 所 985 院校，而日本类政府类似 211、985 工程大学的计划是日本文部科学省在 2014 年提出的超级国际化大学计划的 30 余所大学，目的旨在建立日本及世界性的超一流大学 。
综合国立大学、公立大学、私立大学多角度排名（非仅学术排名），仅供参考（日本国公立大学统一入学考试时，大都需要受验 5-7 科或全科受验，而私立大学只需受验 1-4 科目，因此即便当公立和私立大学入学偏差一样时，也无法硬性比较学校高低）
日本有四所大学院大学，由于没有本科设置，不参与排名 : 综合研究大学院大学、政策研究大学院大学、北陆先端科学技术大学院大学、奈良先端科学技术大学院大学。
国际超一流大学
S Ⅰ级 : 东京大学
S Ⅱ级 : 京都大学、东北大学、大阪大学
国际一流大学
A Ⅰ级 : 九州大学、一桥大学
A Ⅱ级 : 名古屋大学、北海道大学、
A Ⅲ级 : 庆应义塾大学、横浜市立大学、东京工业大学
A Ⅳ级 : 早稻田大学、筑波大学、神户大学
日本一流大学
B Ⅰ级 : 千叶大学、广岛大学、御茶水女子大学、上智大学、横滨国立大学、东京理科大学、首都大学东京、东京医科齿科大学、国际基督教大学、东京外国语大学
B Ⅱ级 : 同志社大学、明治大学、立教大学、法政大学、立命馆大学、中央大学、青山学院大学、大阪市立大学、熊本大学、大阪府立大学、北九州市立大学、佐贺大学、东京学艺大学、东京农工大学
B Ⅲ级：新潟大学、信州大学、静冈大学、埼玉大学、京都工艺纤维大学、名古屋市立大学、九州工业大学、京都府立大学、学习院大学、多摩美术大学、东京海洋大学、武藏野美术大学、滋贺大学、大阪外国语大学、关西学院大学、冈山大学、金沢大学、关西大学、名古屋工业大学、电气通信大学
日本次一流大学
C Ⅰ级 : 岐阜大学、长崎大学、岩手大学、山形大学、弘前大学、鹿儿岛大学、福井大学、宇都宫大学、三重大学、丰桥技术科学大学、长冈技术科学大学、群马大学、山口大学、大阪教育大学、茨城大学、滋贺大学、富山大学、山梨大学
C Ⅱ级 : 兵库县立大学、小樽商科大学、高崎经济大学、都留文科大学、福岛大学、德岛大学、爱媛大学、鸟取大学、大分大学、宫崎大学、秋田大学、和歌山大学、岛根大学、室兰工业大学、北见工业大学、带广畜产大学、九州齿科大学、、香川大学、高知大学
国内二流大学
D 级大学
琉球大学、高知工科大学、东洋大学、福冈大学、南山大学、日本大学、近畿大学、驹泽大学、芝浦工业大学、成蹊大学、国士馆大学、东海大学、龙谷大学、甲南大学、武藏大学、东京都市大学、东京女子大学、滋贺县立大学、静冈县立大学、秋田县立大学、广岛县立大学、爱知县立大学、前桥工科大学、京都产业大学等首都圈京阪神地区中日本地区各大中坚私立大学、专业性理工科大学等近 50 所大学以及地方二流公立大学。
E 级大学 - 三流大学
首都圈普通私立大学等近 100 所大学
F 级大学 - 四五流不入流大学
近 500 所各式各样私立大学。
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