罗切斯特大学的历史可以追溯到1796年成立的汉密尔顿第一浸信会教堂（纽约）。该教堂建立了纽约州浸信会教育协会，后来于1817年更名为汉密尔顿文学和神学机构。该机构生下两个科尔盖特大学和罗切斯特大学。它的功能是训练浸信会传统中的神职人员。当它渴望授予更高的学位时，它创建了一个神学部门与神学部门分开的大学部门。
大学分部于1846年获得纽约州的特许，之后更名为麦迪逊大学。约翰·怀尔德（John Wiler）和浸信会教育协会（Baptist Eucation Society）敦促将新大学迁至纽约罗切斯特（Rochester）。但是，法律行动阻止了此举。作为回应，持异议的教职员工，学生和受托人叛逃并前往罗切斯特，在那里他们为一所新大学寻求新的章程。
麦迪逊大学最终更名为高露洁大学。
希腊教授Asahel C. Kenrick属于麦迪逊大学罗切斯特分校。肯德里克（Kenrick）担任代理总统，同时进行了全国性搜查。他再发生了这个角色，直到1853年，当马丁·布鲁尔安德森的的牛顿神学院在马萨诸塞州被选中填补了首届张贴。
罗彻斯特大学的新宪章于1850年1月31日由纽约州摄政王颁发。该宪章规定，该大学在五年内有100,000美元的捐赠基金，在此基础上，该宪章将予以重申。约翰·怀尔德（John Wiler）承诺提供10,000美元的初始礼品，这有助于促进个人和机构的大量捐赠。
该课程于该年11月开始，招收了大约60名学生，其中包括28名来自麦迪逊的转学学生。从1850年到1862年，大学位于罗切斯特市中心的老美国酒店内，靠近伊丽莎白街的布法罗街上，今天是I-490立交桥附近的西大街。1851年2月，拉尔夫·沃尔多·爱默生（Ralph Walo Emerson）谈到大学时：
> ``他们以8,500美元的价格买下了一家曾经是铁路终点站的酒店，将餐厅的一侧变成了讲台，将饭厅变成了小教堂，将宴会厅变成了Pythologian Society的礼堂，并将休息室变成了朗诵室，图书馆，和教授公寓，每年只需700美元。> 他们从麦迪逊的书包和行李中带走了各种各样的教授……召集画家，把他送到梯子上，在墙上写下“罗切斯特大学”的头衔，路上有赛跑者赶上学生。 。> 他们有信心在豌豆成熟时可以毕业10班。”
在接下来的10年中，学院通过扩大捐赠，学生团体和师资队伍扩大了范围并确保了其未来。同时，当地商人和国会议员Azariah Booy赠予8英亩的农田，这是该大学的第一个校园，安德森·霍尔（Anerson Hall）于1862年在此建立并投入使用。在随后的60年中，这个王子街校园又进一步发展占地17英亩，经过开发，包括兄弟会房屋，宿舍和学术建筑，包括安德森·霍尔，西布利图书馆，伊士曼和卡内基实验室，纪念美术馆和卡特勒联盟。
