一、选择学校
日本的国立大学总共有 97 所，除去专业性的大学，绝大多数地方（县）只有一所国立大学，如果是挑选某个地区，在大多数情况下实际上意味着只能申请一所大学。另外，有些大学招收研究生有严格的限制，如只接受公费留学生，或与之有学术交流协定、学生交换协定大学的学生等。
多数日本大学研究生的录取采取指导教授决定制。教授接受申请者的最基本前提是其所研究的专业课题必须与教授一致。不论在哪个国家，研究同一课题的导师都是有限的，在同一所大学里研究同一课题的导师就更少了。另外，即使成功地对上了导师的研究课题，但导师接受的研究生是有限的，一般只带一、两个人，名额已满的情况很多，导师出国讲学不便接受研究生的情况也不少。这些因素就决定了导师联系的方式——这个不行联系另一个，也就是说只能是以专业课题来联系导师，从而确定学校，确定地区，而不是相反，更不是以其他因素来确定，否则申请渺茫。
二、联系教授
申请读研第二方面的问题是联系教授的问题，也是众多学生所关心的问题。首先研究生的学制上弹性较大，联系教授的时间也是弹性较大的。但注意尽量在自己做好充分准备的前提下，特别是语言等级考试的成绩都已经取得结果的情况下再联系教授。语言成绩对于申请的影响还是很大的，而首次联系的教授要是失败了，下次就不能再联系了。虽然学校和教授很多，但要是使自己各方面都能满意的学校和教授还是有限的，所以在选择上要慎重。
然后就是和教授联系时间的上下期限问题，因为每个学校的书类选考时间不同，所以这里讲的是大致上的时间。理论上和教授的联系时间可以无限的早，比如说提前 1 至 2 年联系教授都是可以的。前一年 9 月上旬是和教授联系时间的上期限，在这个时间之前即使教授有意接收你，也不会立刻下决定，还要经过教授会的讨论。下期限，一般学校的研究生出愿时间是在开学前的半年，也就是 4 月左右的时间。而且从第一次和教授联系到教授决定接收你，中间最多要经过 1 到 2 个月左右（偶尔也会遇见长时间未回复的情况），所以 3 月中旬是联系教授下期限。以上是针对申请 10 月期研究生的学生，申请 4 月期研究生的学生，要在前一年 3 月上旬到 9 月中旬。总体来说至少要提前 10 个月至一年进行申请。
三、定专业与研究计划书
教授是否接受申请者的因素主要有：①申请者的基本条件：像学历、语言水平；②学习能力即知识水平和研究能力；③培养潜力。后两项主要是通过成绩表、研究业绩、论文、作品以及研究课题的确定、研究计划书的写作来判定。除此之外，还要看毕业学校的档次，一般情况下，毕业学校档次应与所申请的学校的档次相当，如果差的太多将会影响申请。
其实联系教授和定专业、写研究计划书是同步进行的。建议大家联系教授之前就写好研究计划书，有一个大致的方向便于和教授沟通和交流。
参考：
首先说说专业选择，专业选择是一个十分关键的环节，也是一个很多人经常感到迷惑的环节。首先要清楚研究生这种学制的特殊性，其次联系学校的策略还是应该尽可能的先联系好学校，通过教授的反馈，再给自身以更加准确地定位，最后结合自身实际条件以及院校考试的难度，最终来选定学校。学校方面，文科专业方面，东京大、京都大、大阪大、东北大、名古屋大、九州大、北海道大、一桥大、神户大、横滨国立大、筑波大、早稻田大、庆应大都是很不错的，理工科专业方面，东京大、京都大、大阪大、东北大、名古屋大、九州大、北海道大、东京工业大、广岛大都是不错的。私立大学中对于研究生的招生研究生的比较少，如早稻田之类名校较高的学费让人望而却步，一般中国学生的选择面还是局限于国公立大学。此外学校所在的地理位置也是一个影响因素，在大城市的学校，打工方便时给高，虽然物价也相应提高，但总体来说还是大城市还是比较经济的。
专业的选择方面，建议申请本专业或与本专业相关或相近的专业。当然还是有很多想转专业申请的同学，这时需要向教授阐明你转专业的理由以及你有学习新专业的能力，才可以有可能让教授来接受你，然而是否能够考上新的专业的院生还是一个变数。另外，文转理和理转文都是相当难的，一方面受限于文科对日语的高要求，另一方面受限于专业知识的缺乏。当然，转专业也是有不少成功的案例的。有一个特殊的群体是日语专业的，他们相当于没有专业，大部分学生都会转到了日本语教育专业，或相关的文学类专业。而比较利于就职的专业的话，理工科和情报处理专业还是就职率较高的，文科的话就是比较看重学校的排名和名气了。此外需要提醒是的，就职中，日语的熟练程度还是占据了很大的权重。
最后说说研究计划书，优秀的研究计划书能够体现出学生的专业素质，是教授审查学生能力的关键依据。研究计划书大致要涉及到研究背景、研究内容、研究目的、研究方法和期待成果这几个方面。相对来说，文科生的研究计划书就变得更加重要。教授就通过这份研究计划书来观察学生专业的吻合度和可塑性，所以需要认真地写，好好查阅参考文献的资源，好好研究教授的方向。要是自己有较好的创意，可以纯粹的自己独立写成，如果没有的话，就找教授研究内容的某一部分或者相关联的环节写。总之需要用心去写，这是教授能够收你与否的关键环节。理工科方面到不是很依赖研究计划书，因为理工科的研究内容取决于研究室的设备和过去知识的积累，不可能自己想研究什么就研究什么。所以研究计划书是一个出愿时的一个必要手续。
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