日本高中的课程设置，大致与国内高中相仿。
一般的综合性高中，采取分科制。所谓的分科，即：学科+科目（必修+选择必修+任意选修）。用公民科代替政治科。
日本高中同时实行学分制和学年制。1课时50分钟。上满35课时为1学分。一个科目如每周上4课时，一年上35周，这个科目就有4学分。
日本的高中课程设置，大的方面有文部省规定，设置者可作若干补充规定，具体的安排则有学校负责。举例来说，在学期前8周的周一上午，连续上地理课，而从第9周开始，相同的时间则改为历史课。由此可见，在课程设置上，日本高中是有很大的自主权的。日本高中课程采取这种分级管理的方式，其目的是既要保证高中教育有较高的水平，又要发挥学校的积极性，办出各有特色的高中。
课程设置
日本高中的课程，分学科和科目两个层次。一个学科往往包含几个科目。例如国语是一个学科，在1994年后现行的学习指导要领中包含国语Ⅰ、国语Ⅱ、国语表达、现代文、现代语、古典Ⅰ、古典Ⅱ、古典讲读等8个科目。
历年来日本普通高中的学科数为8-9个，科目数则不断增加，从1948年的20个增加到现在的60个。科目分成必修、选择必修、选修三种。选择必修的意思是在一组科目中必须选择学习一至二科。
普通高中的课程由各种学科和课外教育活动构成，道德教育通过整个学校教育活动进行。
全部高中生的共同必修的学科：国语Ⅰ、现代社会、数学Ⅱ、理科Ⅰ、保健、体育、音乐Ⅰ、美术Ⅰ、书法Ⅰ、工艺Ⅰ、家政概论等。
选修学科中包括：国语、外语、社会、艺术、家政、数学、体育、农业、工业、商业、水产、护理等。
普通高中或普通科与职业高中和综合高中职业科在课程上的区别，不是主要体现在必修科目上，而是体现在选修科目上。
选科型VS分科型
日本高中就其模式来讲，主要有选科型和分科型两种，此外也有少数不分科也不选科，即全部是必修科的高中。选科型的高中大致共同必修科占60学分以上，选修科为30学分左右。其中有的以选择必修为主，有的以自由选择为主，前者选择必修约占20学分左右，后者自由选择约占20学分左右。
分科型的高中多数在二年级或三年级开始分科。从二年级开始分科的，在二年级只分文科班和理科班，到三年级又细分为上私立大学的、上国立公共大学的、上短期大学的文科班和理科班等。分科型高中一般只开设必修科和选择必修科，即使有开设自由选修科的，也只占几个学分。
