埃默里学院（Emory College）由卫理公会主教教堂于1836年在乔治亚州牛津市创立。学院以纪念已故的卫理公会主教约翰·埃默里（John Emory）命名。Ignatius Alphonso Few是该学院的第一任校长。1854年，埃默里大学医学院的前身亚特兰大医学院成立。1861年4月12日，美国内战爆发。埃默里学院于1861年11月关闭，所有学生入伍。 1863年末，战争来到了佐治亚州，这所大学被用作医院，后来又成为联合军的总部 。该大学培养了在战争中服役的军官，包括乔治·托马斯·安德森将军（1846C），他们在东部战区几乎进行了每场重大战役。35名Emory学生丧生，战争期间大部分校园被摧毁。
与整个美国东南部地区一样，埃默里学院（Emory College）也在重建时代努力克服金融灾难。1880年，埃默里大学校长Atticus Greene Haygoo发表演讲，对美国奴隶制的终结表示感谢，引起了纽约银行家乔治·塞尼（George I. Seney）的注意。塞尼给埃默里学院5,000美元用于偿还债务，50,000美元用于建筑，以及75,000美元用于建立新的捐赠基金。在1880年代，技术系由埃默里学院的多学科教授Isaac Stiles Hopkins创立。霍普金斯成为佐治亚理工学院的第一任校长1888年埃默里大学的第一个国际学生，尹致昊，毕业于1893年。(https://en.wikipeia.org/wiki/EmoryUniversity#citenote-ADirectLinetoEmory's_History-52)云成为一个重要的政治活动家[韩国是“的作者爱国歌 ”，在国歌韩国。
