数学金融硕士（ Master of science in mathematical finance) 也算是金融工程的一个分支，但是大都设在商学院下面。学校开设这个学位的宗旨是不让数学和金融这个本该是一家的学科分开学 ( 是金融离不开数学，60% 的课程是数学金融，比如 Stochastic Methos of Mathematical Finance 等 ) 。主要的方向就是让学生掌握数学方法在如 Black-Scholes 期权定价法及投资策略和风险分析等方面的应用。
金融数学专业的申请者需要对数字情有独中，比起“纯金融”专业，金融数学专业对申请者数学成绩的要求更高。这也体现在学校对于语言成绩的要求上，如斯坦福大学GRE数学部分的平均分是 168 分。除了数学能力，大多数情况下，申请者要有一定的 C 语言编程基础，其它对申请有利的包括 C++ 、Fortran 、ascal 、Java 、VBA ，以及数学软件Matlab 、Mathematica 、Mathca等。还有较强的专业背景要求，除了拥有金融、数学、经济、统计、经济计量背景的人，其它方向如计算机、物理、化学、工程等背景的人同样是很受欢迎的申请者。
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