目前，日本共有大约800所大学；根据设立主体的不同，可以分为国立、公立、私立三种。
国立大学：由日本政府设立，是国家全额出资的团体。全日本47个都、道、府、县每个县都至少有一所。
公立大学：公立大学由日本各都、道、府、县（相当于中国的省级行政单位）的地方政府直接出资和运营。
私立大学：私立大学由日本民间的财团出资和运营，总数占全日本大学的77%左右。
日本国立大学大多历史悠久，正规传统学术风浓厚，师资实力强，教学质量有保障。既有东京大学、京都大学、大阪大学、东北大学、名古屋大学、北海道大学和九州大学等知名度高的综合性大学，也有东京工业大学、京都工艺纤维大学等侧重某些专业的大学，更有大阪教育大学、政策研究大学院大学、奈良先端科学技术大学院大学等综合排名不高，但在某些具体领域代表了教育最高水平的学校。
另外，进入21世纪后 ，日本共诞生19位诺贝尔奖获得者，皆出身于日本国立大学。
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