中央教育行政
日本现行的中央教育行政机构是文部科学省，为日本内阁的组成部分，其最高领导是文部大臣。文部大臣和文部科学省是主管教育行政的中央首长和行政机关。法律规定文部省的职能权限，主要是:
(1)为发展教育、学术和文化事业，进行调查研究并制定规划。
(2)就各级学校和教育机构的设施设备、人员配置、组织与教育内容规定标准。
(3)对地方教育委员会、地方行政机关，大学和其他教育、文化与科学机构提供指导和建议。
(4)管理由文部科学省设立的大学和其他教育、科学与文化机构，任命县和重要市的教育长或负责人，审定中小学教科书。
(5)对地方教育和其他教育、文化与科研机构提供经费补助。
地方教育行政
法律规定，地方教育由地方公共团体实行自治。日本的地方公共团体分为两纵 即都道府县和市町村。教育的行政机关为教育委员会，行政主管为教育长。地方设立的大学及其他高等教育机构和私立学校由地方政府管理，教育委员会的主要职责是发展基础教育，在人事、经费、设施设备、教育教学、课程内容和教师进修等方面对其所辖学校负责。
教育长的任命领得到都道府县教委的认可，都道府县教育长的任命须得到文部大臣的认可。
