加州理工学院是一家非营利性公司，由私人任命的46人董事会管理，董事会成员的任期为5年，退休年龄为72岁。目前的董事会由以下机构主持：Global Crossing Lt.的联合创始人Davi L. Lee。受托人选出一名总裁担任该研究所的首席执行官，并代表董事会管理该研究所的事务，由一名教务长担任该研究所的首席学术官研究所的院长以下，以及其他十个副总统和其他高级职位。
前佐治亚理工学院教务长让·洛·查莫2006年9月1日，他成为加州理工学院的第八任校长，接替了自1997年以来一直任职的大卫·巴尔的摩。 Chameau 2008-2009年的薪酬总额为799,472美元。Chameau任职至2013年6月30日。托马斯·罗森鲍姆（Thomas F. Rosenbaum）于2013年10月24日宣布担任加州理工学院第九任校长，其任期于2014年7月1日开始。加州理工学院的捐赠基金由常设受托人委员会管理，由投资办公室管理。
该研究所分为六个主要的学术部门：生物学与生物工程，化学与化学工程，工程与应用科学，地质与行星科学，人文与社会科学以及物理，数学与天文学。加州理工学院的投票学院包括所有教授，讲师，研究助理和研究员以及大学图书馆员。教师负责制定入学要求，学术标准和课程。学院董事会是学院的代表机构，由18位当选的学院代表以及其他高级管理人员组成。希望专职教授教授课程，进行研究，为学生提供建议以及进行行政工作，例如在委员会中任职。
