参与重要研究的机会是霍普金斯大学本科教育的显着特征之一。大约80％的本科生通常与顶尖研究人员一起进行独立研究。在2013财年，约翰霍普金斯大学获得了22亿美元的联邦研究资助，连续35年超过美国任何其他大学。约翰·霍普金斯大学已有医学研究所的七十七（77）名成员，霍华德·休斯医学研究所的研究人员四十三（43），国家工程院的十七（17）名成员和六十二（62） ）美国国家科学院院士。截至2019年10月，已有39位诺贝尔奖获得者作为校友，教职员工或研究人员加入该大学，最近的获奖者是Gregg Semenza和William G.Kaelin。
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在1999年至2009年之间，约翰·霍普金斯大学是全球知名度最高的院校之一。它吸引了近1222166的引文和生产在其名下54022篇，居＃全球第三（仅次于哈佛大学和马普学会的数量）总在美国22场发表于汤森路透收录期刊的引文。
在2000财年，约翰·霍普金斯获得了美国国家航空航天局（NASA）的9540万美元研究资助，使其成为NASA研究与开发资金的主要接受方。在2002财政年度，霍普金斯大学成为第一所超过10亿美元门槛的大学，记录的总研究费用为11.4亿美元，联邦资助的研究费用为10.23亿美元。根据美国国家科学基金会（NSF）的排名，2008财年，约翰·霍普金斯大学在科学，医学和工程研究方面的收入为16.8亿美元，使其连续30年成为美国研究与开发总支出的领先学术机构。 这些总额包括位于马里兰州劳雷尔的JHU应用物理实验室的赠款和支出。
