克拉克大学拥有三所研究生学院：
· 管理学院
o 5个商学单硕士项目：会计、金融 (STEM)、商业分析 (STEM)、MBA、管理
o 2个商学双学位硕士项目（MBA+会计双学位、MBA+金融双学位(STEM)）
o 2个商学与其他专业合作双学位项目（MBA+社区发展与规划双学位、MBA+环境科学政策双学位(STEM)）
语言要求：托福最低85分，雅思6.5，个别项目例如，商业分析，管理学要求托福90分，雅思6.5。
· 国际发展、社区与环境学院– 不要求GRE/GMAT
o 5个单硕士项目：国际发展与社会变化、社区发展与规划、环境科学与政策(STEM)、发展与环境地理信息系统(STEM)、社区与全球健康
o 2个与商学院合作双学位项目（包括，MBA+社区发展与规划双学位、MBA+环境科学政策双学位(STEM)）
语言要求：托福最低90分，雅思6.5。
· 职业研究学院–不要求GRE/GMAT
o 3项专业性硕士项目：信息技术(STEM)、职业传媒、公共管理
o 语言要求：托福最低85分，雅思6.5
o 申请职业研究学院的学生语言成绩不足，学院提供低语言录取，学生需要同时上语言课以及正课，学生需缴纳语言课程费用，低语言录取托福要求是79-84.
另外，克拉克大学还提供英语硕士生项目，并且该项目申请不要求GRE/GMAT.语言要求：托福90分，雅思6.5。
其中，发展与环境地理信息系统为国际发展、社区与环境学院和克拉克大学地理系合作开办的专业，如上文所述，克拉克的地理系在全美排名前五，该系的教授为该项目的学生开设课程，极高地提高了毕业生的学术水平与市场竞争力。另外，克拉克大学的金融硕士项目获批为STEM项目，在美国同类项目非常罕见，这类项目为国际学生毕业后提供长达3年的工作时间，极大地增加了他们实习、就业及获得工作签证的机会。同时，以上提到的各双学位项目，综合学分缩短了对相对单学位的学分的要求，一般可以在3年内获得双学位。
