专业设置
马来西亚公立大学都是政府投资兴办的以发展国民教育提高国民综合素质为目的的，所以每一所大学的专业设置都比较全面而有重点，比如马来西亚理科大学、马来亚大学、马来西亚国民大学等都是综合型大学，大学开设了包括文科、商科、理科、工科、医学等各类学科的几百种专业。与公立大学相比，私立大学所开设的专业都是以管理商科类、计算机、工程等为主要特色，都是比较实用的专业。
校园规模
马来西亚公立大学的建校历史悠久，如百年历史名校有马来亚大学创办于1905年，马来西亚理工大学创办于1904年，马来西亚博特拉大学成立于1931年。马来西亚政府每年投入大 量的教育经费，大学的实验设备等在大马都是最先进的，这些科研性大学承载着为马来西亚的科技发展作出巨大贡献。校园规模而言，除马来亚大学外的其余排名前七位的大学校园面积都在 15000亩以上。同时这些公立大学的在校学生人数几乎都在2万名以上。私立大学主要是企业出资兴建，在校园硬件设施的投资上并不是所有的私立大学都很慷慨。很多都利用租用校舍和宿舍以减少成本开支(部分学校不能提供在校住宿，一般要求学生 住在租的校外宿舍)。当然，虽然不能和公立大学的规模和人数相比，但是部分私立大学还是有比较完整的大学校园，学生的学习和生活都在校园里，比较方便。
语言环境
在马来西亚，公立的大学实行的是马来文与英文双语的授课方式，作为国际学生在入学之后，不但英文要达到很高的标准，而且必须要学习马来文；而在私立的国际化的学院或大学当中，所有的学生都是以英文为授课媒介，根本不需要学习马来文，这样学生可以更加安心的来学好自己的专业课程。
招生条件
因为马来西亚的公立学校有95%以上都是马来人，这样就造成了招收条件上的不平等性，一方面是专业性的不平等体现在专业的招生过程中往往名额都是留给马来西亚的学生，国际学生根本申请不到一些就业前景很好的专业。另一方面对于马来的学生，学校会实行各类的学费的优惠及减免政策和制度，但国际学生基本上享受不到任何的奖学金或学费的减免。而在私立大学当中，由于生源基本上都来自于国际学生，这样所有的学生都是凭借自己的成绩和学术背景去申请，录取与否是在于个人条件而非国籍，对各个国家学生的数量没有差别性的限制，而且这样一来，国际学生就可以选择去申请自己喜欢的专业和科目。
学历认可
在马来西亚有十五所公立的政府大学，但到目前为止仅有七所是受到中国教育部认证的；而私立学校当中，有多达三十所大学的本科或硕士学位是不但受到马来西亚当地教育部的承认，同时在中国的教育也是获得认证的。
申请难易
马来西亚公立大学是非赢利性质的，费用比较低廉。而且教育部规定国际学生比例不能超过总人数的5%。从2004年公立大学本科生对国际学生开放至今，国际学生人数 聚增，所以申请的难度比较大。马来西亚私立大学没有国际学生比例的限制，所以申请起来比较容易。
