约翰斯·霍普金斯大学创建于1876年1月22日。大学以其创建人和主要捐资人，巴尔的摩银行家、贵格会教徒约翰斯·霍普金斯（Johns Hopkins）命名。1873年约翰斯·霍普金斯去世，遵照其遗嘱，其身后大约七百万美元（按购买力折算，相当于2006年的16亿美元）的遗产被分成均等的两份，分别捐赠给以其名字命名的约翰斯·霍普金斯大学和约翰霍普金斯医院。这在当时的美国是有史以来最大的一笔慈善捐赠。创始人希望摒弃美式学院的陈规旧制，仿照威廉·洪堡等人所倡导的以柏林洪堡大学为代表的德国大学模式，打造一所专注于扩展知识、研究生教育和鼓励研究风气的新式研究型大学。大学的目标为：“鼓励研究以及独立学者的进步，使得他们可以通过自己精湛的学识推动他们所追求的科学以及所生活的社会前进。”
吉尔曼和芝加哥大学的首任校长哈珀
大学的拉丁文校训为Veritas vos liberabit（“真理必叫你们得以自由”，语出《圣经·约翰福音》）。校徽的正中央为橡树枝支撑的马里兰州建立者巴尔的摩领主的家族纹章，其上的书籍和地球象征着艺术和科学研究。大学的首任校长是Daniel Gilman。
约翰斯·霍普金斯大学是西半球第一所研究型大学，也是美国第一所以讨论班方式授课、第一所分专业录取本科生的大学。其理念和模式都对后来的美国大学产生了巨大的影响并为之纷纷效仿，一批老牌学院如哈佛、耶鲁、哥伦比亚、普林斯顿等，纷纷步其后尘而改革成为大学，一批新型大学，如克拉克大学、芝加哥大学相继建立。
霍普金斯大学也是美国大学协会（AAU）的14所创始校之一（其余13所创始学校分别为：普林斯顿大学、哈佛大学、耶鲁大学、哥伦比亚大学、斯坦福大学、芝加哥大学、宾夕法尼亚大学、康奈尔大学、加州大学伯克利分校、密歇根大学、威斯康辛大学麦迪逊分校、克拉克大学、美国天主教大学）。
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